一、總體思路
1)寫入INCAR;
2)寫入POSCAR,就是坐標文件;
3)寫入KPOINTS文件,就是K點的選擇;
4)寫入POTCAR,寫入POTCAR(找到勢文件,然后按照POSCAR中的元素順序把Cr和I元素的POTCAR寫在一起)
命令如下:(會生成一個POTCAR的勢文件)
cat Cr/POTCAR>>POTCAR
cat I/POTCAR>>POTCAR
提交腳本,運行。
二、POSCAR的生成
1.從晶體庫中下載POSCAR文件或者先下載CIF文件在用VEST軟件轉換成POSCAR文件:
https://www.materialsproject.org/
http://aflowlib.org/
http://www.oqmd.org/
2.查到這個物質結構的文獻,可從Gemlin和貝爾斯坦數據庫得到文獻的信息,
然后看這篇文章的Supporting Information,就能找到cif文件了。
3.我們需要得到VASP里計算CrI3所需的POSCAR,主要是晶格的基矢(原胞的三邊)和基元中每個原子的位置。
一種方法是手寫,根據實驗上得到的晶格常數,如 Rhombohedral 慣用晶胞中的 a 和 c 值,去計算得到POSCAR里所需的各個數值。
不過這操作起來可能不太容易。另一種方法就是用已知的,同樣的結構的晶格的 POSCAR 修改晶格常數的值來得到。
晶體庫下載文件及修改實例:
打開 Aflowlib.org 網站,點 advanced search,之后在元素周期表中選中 Bi 和 I 搜索化合物。從結果中找到了 Bi6I3,點開里面有很多有用的信息。
從中找到 VASP-POSCAR文件,下載下來得到 CONTCAR.relax.vasp 文件。可見,晶體點群的確是 Hexagonal Crystal family > Trigonal Crystal system > Rhombohedral Lattice system/Crystal Class.
有了 BiI3 的 POSCAR 以后還需要修改晶格常數得到 CrI3 的POSCAR。我們在最初的 Bi2I6 的 POSCAR 里加入兩種元素,同時把 Bi 都改成 Cr;
第一步:將 CONTCAR.relax.vasp 文件拖入 VESTA 軟件中,導出 .cif 文件 (File > Export Data > CIF File),得到 CONTCAR.relax.cif;
第二步:將 CONTCAR.relax.cif 拖入 Materials Studio 軟件中,在這之前你需要先創建一個 project;
第三步:先把原胞改成慣用晶胞,Build > Symmetry > Find Symmetry > Impose Symmetry,點完之后就得到了慣用晶胞;
第四步:修改慣用晶胞的晶格常數,Build > Symmetry > Lattice Parameters (按照實驗數據修改CrI3 慣用晶胞的 a , c );
第五步:將慣用晶胞改成原胞,Build > Symmetry > Rhombohedral Representation;
第六步:從MS導出成 cif 文件,如命名為 POSCAR.relax.cif;
第七步:將 POSCAR.relax.cif 重新拖入 VESTA,並導出成 .vasp 文件,這里有一個選擇,Fractional 是分數坐標(以基矢為單位),Cartesian是直接數值直角坐標。
三、POTCAR的生成
找到勢文件,然后按照POSCAR中的元素順序把Cr和I元素的POTCAR寫在一起
命令如下:(會生成一個POTCAR的勢文件)
cat Cr/POTCAR>>POTCAR
cat I/POTCAR>>POTCAR
四、參考鏈接