想起什么來寫什么吧。
整體流程（以Ceas2, TPP, G3P為例）：
准備蛋白即配體參數文件(pdb文件需要有header，header的順序符合cst block的順序，且residue1和residue2的順序也必須符合cst block)；
設置CST文件；
准備protocol和flag文件；
運行enzyme_design；
結果處理。
CST文件准備：
要想准備好cst文件，需要的先決條件有兩個，一個是對CST文件格式的了解，一個是對rosetta參數文件（.params）的了解。
首先，CST格式可見另外一篇博客https://www.cnblogs.com/wq242424/p/9463703.html；
其次，.params文件格式里面，主要注意我們感興趣的原子，比如HIS的Nhis，確定A1，A2和A3，Nhis作為A1，A2和A3則由.params文件里對應ICOOR行的parent原子決定，A2是A1的parent，A3是A2的parent。如HIS里Nhis對應的原子及A1是ND1，A2為A1的parent為CG，A3為A2的parent為CB，.params文件格式參見.param文件格式，標准氨基酸的.params文件存放在$ROSETTAHOME/main/database/chemical/residue_type_sets/下。
最后，設置好CST文件后，一定要用 CstfileToTheozymePDB.linuxgccrelease 對CST進行驗證，因為有時候隨着標准氨基酸.params文件的更新，不同原子的定義可能會有改變，命令用法如下：
CstfileToTheozymePDB.linuxgccrelease -extra_res_fa G3P.params -match:geometric_constraint_file G3P.cst
命令會產生出 PDB_Model_G3P.cst_1.pdb 文件，刪除pdb文件里的CONNECT行后，使用 pymol PDB_Model_G3P.cst_1.pdb 命令查看motif是否符合設定。
下面列舉我遇到過的幾種氨基酸的原子信息：
側鏈信息:
骨架信息：
上述是列舉的官方文檔種的殘基原子信息。
下面是自己應用過程種用到的：
Ntrp,和Nhis,
OH ,（注意逗號前有空格）
Narg,
結果處理：
對設計出來的眾多結果進行篩選，篩選規則的原文如下：
One approach currently used in the Baker group is the following: first, a subset of the 4-5 most important criteria is picked, i.e. total_score, ligand binding energy/SR_interface_E_1_2, total constraint score of the catalytic residues (all_cst), packstat, and buried unsatisfied polars of the ligand. Then, for each of these criteria, a minimum value is decided, which all designs considered for expression have to exceed ( i.e. total_score has to be lower than the corresponding Rosetta score of the undesigned scaffold, ligand_binding energy has to be < -10.0, and all_cst has to be < 1.0 ).
大體過程是：
首先，確定4-5個重要的對設計重要的特征，如total_score, ligand binding energy/SR_interface_E_1_2, total constraint score of the catalytic residues (all_cst), packstat, buried unsatisfied polars of the ligand等；
然后，確定每一個特征標准或者稱為臨界值，例如ligand_binding energy has to be < -10.0，又如 all_cst has to be < 1.0等；
最后，使用 DesignSelect.pl 腳本篩選出符合標准的設計。
DesignSelect.pl腳本的用法：
首先，需要准備一個標准或者臨界值文件，如下：
req all_cst value < 1.0 req SR_4_interf_E_1_2 value < -10.0 output sortmin total_score
然后，使用命令：
DesignSelect.pl -d design.out -c <requirements file> -tag_column last > filtered_designs.out
對結果處理，得到的文件filtered_designs.out里包含符合我們條件的entry。
故障報錯：
1. ERROR: unknown atom_name: TPP C
准備好flag文件，xml文件等后，運行 rosetta_scripts.linuxgccrelease @flags ：
出現錯誤：ERROR: unknown atom_name: TPP C
沒有排查出錯誤出處，由低版本（2016）換高版本rosetta_scripts（2018）運行后，問題解決。