R Markdown 使用方法筆記

記錄一些R Markdown中與一般的Markdown不同的用法。

1.代碼塊設置

• echo=FALSE最終的文檔中不會顯示代碼，只會顯示代碼運行的結果和圖像
• results="hide"隱藏結果，顯示圖像
• include=FALSE隱藏代碼和運行的輸出（寫報告時可使用include=FALSE來隱藏所有的代碼，從而突出圖像。）
• fig.show="hide" 隱藏圖像
• 對於圖像，可以通過fig.width和fig.height來設置寬和高，舉例：

```{r scatterplot, fig.width=8, fig.height=6}
plot(x,y)

• 使用include=FALSE隱藏所有的代碼、結果和圖像，同時使用include=TRUE和results="hide"則會隱藏結果顯示圖像
• eval=FALSE顯示代碼而不顯示運行結果
• 表格輸出設置：

```{r, results='asis'}
knitr::kable(mtcars)

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2.全局代碼塊設置

避免每次使用代碼塊都重復敲代碼來設置代碼塊，可按如下設置初始代碼塊：

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, fig.height=8, fig.path='Figs/',
                      echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE)

warning=FALSE 和message=FALSE最終文檔中不會顯示R軟件任何的提示信息， fig.path='Figs/'把圖片保存在Figs子文件夾中（默認情況下圖片不會被保存，注意Figs后面的斜線“/”不可少，否則圖片會以Figs為文件名開頭被保存在主目錄中）。
如果在某個特定代碼塊中需要不一樣的設置，可以單獨設置該代碼塊，如：

```{r a_taller_figure, fig.height=32}
par(mfrow=c(8,2)) for(i in 1:16) plot(x[,i], y[,i])

在給合作者的報告中，可能會使用include=FALSE, echo=FALSE作為全局設置，生成圖像時使用include=TRUE，這樣可以只輸出圖像。

3.行內代碼(In-line code)

在報告中不要寫成“There are 168 individuals.” 可以插入一點代碼，比如：

There are `r nrow(my_data)` individuals.

又比如：

The estimated correlation between x and y was `r cor(x,y)`.

在R Markdown中，行內代碼以 `r 和 `來表示，兩者間的代碼會運行並顯示結果。
注意：要確保行內代碼沒有跨行。

4.YAML header

YAML 是一種用於指定數據的簡潔的文本格式， 與JSON有些類似但可讀性更強。

在R Markdown文檔開頭，編寫如下一段代碼：

--- title: "An example Knitr/R Markdown document"
author: "Karl Broman"
date: "3 Feb 2015"
output: html_document ---

那么，文檔的結尾會包含格式化的標題、作者名和日期。

author: "[Karl Broman](http://kbroman.org)"

甚至是R代碼：

date: "`r Sys.Date()`"

output: html_document將RMD轉化為html，pdf_document 或者word_document分別轉為PDF和Word .docx文件。

5.其他關於代碼塊設置的代碼問題

• 必須寫在一行內，不含空格和句點，可以使用-和_
• fig.path="abc"而不是fig.path=abc, and out.width='\\textwidth'而不是out.width=\textwidth
• 使用TRUE/FALSE 而不是true/false

[參考文獻]：
1. http://kbroman.org/knitr_knutshell/pages/Rmarkdown.html
2. https://yihui.name/knitr/options/#package_options
3. http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_rcodechunks.html