1 簡介
R Markdown
R Markdown的基本語法與 Markdown 基本一致 [使用方法]，最核心的區別是：
寫入代碼區域的代碼能在編譯的時候同時生成相應的圖、表和運算結果，省去了保存和插入的過程。
能保存為HTML、WORD和
本文關於
- 在
Windows 10系統下配置R Studio的R Markown，導出PDF，Word和HTML。 - 安裝Pandoc和Latex。
- Windows: MiKTeX (完整版)
- Mac OS X: TexLive 2013 (完整版)
2 安裝
如果已經安裝好了R Studio和R。下一步需要做的包括：
- 安裝Pandoc和你的系統需要的LaTex。Pandoc還好，LaTex完整版下了好久。
- 更改Global Setting，告訴R Studio你用什么來編譯R Markdown里面的代碼。
- 下載一系列相關的包（當你新建Markdown文檔和保存的時候R Studio會自動提醒你完成）。
具體過程都沒寫，很簡單，過程請參考這里
其實MiKTeX裝得很懵逼。
R給的地址是：http://miktex.org/2.9/setup
MiKTex給的地址是：https://miktex.org/download
我也不知道上面兩個地址區別是什么，一開始就下了R給的地址里的Net installer。
運行了之后下了2個多G的東西，可是貌似還是沒有真的安裝，然后又運行了一次Net Installer，這次讓我選了安裝地址。
然后關了一次R Studio就找到LaTex了。
3 設置 YAML
完成對R Studio的全局配置后，對每個Rmd文件（R markdown）在最開頭兩條線之間進行設置才是更重要的。這個部分叫做 YAML：
---
title: "標題"
author: "作者"
output:
word_document: default
html_document: default
pdf_document:
includes:
in_header: header.tex
keep_tex: yes
latex_engine: xelatex
---
## 4 如何編輯 Rmd 文檔
編輯的過程總結起來就是
1 我添加的是普通的文字。
- 那就按照Markdown寫吧，你看到過的功能R都支持。
2 我添加的是代碼。
- 那就放到
代碼區域里面去，和Markdown的代碼標記不太一樣，多了{}。
```{r}
code
```
3 然后在 {} 里告訴 R Studio 你希望顯示什么:
- 我只想顯示代碼
echo = FALSE, eval = FALSE - 我只想顯示結果
echo = FALSE, eval = TRUE - 我想要代碼+編譯結果
echo = TRUE，eval = TRUE
4 如果是在行內中添加代碼，沒有{}
`r 2+ 2`
##5 導出 從Rmd格式可以導出為三種格式，用[Pandoc](http://www.pandoc.org/installing.html)實現。 1. Word 2. HTML 3. PDF（額外需要LaTex支持，並且對中文的支持需要額外的設定）。
步驟
- 在YMAL里面設置
output: pdf_document，或者word_document, html_document。 - 設定好了之后三種導出的方法都一樣，點擊代碼窗口上面的藍色毛線團標記
。
knit本身是編織，所以就是把代碼織成文本吧。
關於PDF
- 首先為了支持中文，需要
Global Setting里選xelatex作為LaTex引擎，也可以在YAML加入說明。 - 然后對LaTex進行配置。在
YAML里加入header.tex:
outputs:
html_document: default
word_document: default
pdf_document:
includes:
in_header: header.tex
keep_tex: yes
latex_engine: xelatex
注意正確的縮進和冒號。
以上意思是，輸出為html，word和pdf。html和word為默認設置。pdf設置包括，in_header，keep_tex和latex_engine。
如果一個設置還沒到具體的內容，它緊接的是冒號，換行后需要多縮進兩個空格再開始。
如果已經指向明確的內容，結束沒有冒號，換行之后保存和上行一樣的縮進。
header.tex需要和你的Rmd文檔放到一個路徑，其中內容是：
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{Microsoft Yahei} % Chinese font
\setmainfont{Georgia} % English font
\setromanfont{Georgia} %
\setmonofont{Courier New} % the font used for code
\parindent 2em % indentation
以上代碼從別人那里copy來的時候，
%后面注釋用的中文。可是在運行的時候R報錯，原因應該和下面參考里說的一樣，中文亂碼。
存成UTF-8 就沒問題了。可是我不會，還是刪了中文來的快。
錯誤提示：pandoc document conversion failed with error 1
更詳細說明參考這里
6 實時更新設置
編輯的同時看到結果，方法。
## 參考資料 * 官方說明[R Markdown Cheatsheet](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/rmarkdown-cheatsheet.pdf)。 * 另一個寫的很好的[配置說明](http://blog.rainy.im/2015/05/16/rmarkdown-in-rstudio/)。其中提醒需要安裝或更新 `devtools` 包。
## 寫在最后 R + R Studio + 我 我的正職應該是個搞生態學的（吧？）。計算機方面，初中的時候家里有了一個386，覺得這個東西雖然長得像電視，可是啥也干不了...還經常藍屏。高中學的時候學了DOS，學會的是怎么用命令行新建文檔，可是屏幕還是沒有電視好看，不過可以玩游戲了，只是經常在大場面卡死，網絡版玩兒了下也放棄了，太卡。后來到了大學，計算機技術終於正真開始侵入到我這種小渣渣的生活了。那時候有了淘寶，網銀，我也和大家一起考了C語言，可是我貌似就記得有個 `for`。嗯，說這些想說明，編程這件事情上，我只是一個小小的學渣。可我是個搞科學的，貌似我應該特別會統計學，還特別熟計算。
直到有一天，我遇到了 R 這個坑了我也救了我的計算機語言。據估計只有1%的人使用R語言編程。這群人的背景有個共同點就是他們都是搞科學的。 在這群搞科學的人手里發揚光大了之后，R語言能完成了事情可謂百（za）花（qi）齊（za）放（ba）。誰都能隨便寫寫包，然后誰都能拿來用。對我來說，沒有R就沒有沒有畢業，可是在接觸了它6年之后，我才發現我從來沒有把它當做一個計算機語言來用。我也沒有想過每天都打開的R Studio到底是啥。對我來說，R只是一個能幫我做圖，做方差分析，做PCA的工具。我需要的是找到什么人已經解決的途徑，而不是怎么樣自己創造一個途徑。
最近自學了 Perl 和 Python 之后更強烈的覺得，當初 R 的打開方式雖然讓我能迅速地解決科研中的應用問題，可是也完全沒有機會看到它作為計算機語言的可能性。就這么用下去，我相當於永遠等着別人來解決我現在的問題，沒有辦法解決自己的問題。語言存在的價值在於交流和創造，學人類語言的首要目的是交流，而學計算機語言的首要目的應該是創造（Development）。
來cnblog幾天，發現R語言在這兒關注的人的確很少，不過前幾天看到一個關於推廣 Awesome R！的帖子，想必R也會成為大家的第三，第四個語言的選擇吧。
之前，在兩台電腦上設置好了Sublime+Markdown+Snippet，現在回到主要工作環境R Studio，使用它提供的 R Markdown。