導讀：隨着二代測序技術臨床應用的不斷增加，越來越多與癌症發生發展密切相關的突變被鑒定出來。將基因突變的結果更好地轉化為實際臨床應用，統一而通用的突變命名規則就顯得尤為重要。人類基因組變異協會（HGVS：Human Genome Variation Society）規則是目前學術界所公認的命名規則。
從不同的維度出發，相同的基因突變可以有多種不同的表現形式，例如，參考序列的不同、表現層次的不同（DNA、RNA或者蛋白質水平）都會導致突變的表現方式產生差異。
目前，通用的參考序列主要包括：基因組參考序列（以前綴“g.”表示）、cDNA參考序列（以前綴“c.”表示）、非編碼DNA參考序列 （以前綴“n.”表示）、RNA參考序列（以前綴“r.”表示）、蛋白質參考序列（以前綴“p.”表示）。
參考序列的選擇非常重要。在DNA水平描述突變時，內含子與相鄰外顯子的關系對於臨床研究往往非常重要，為了能更好地闡明內含子的變異，通常會選擇cDNA作為參考序列，這是因為以cDNA作為參考序列，能夠更好的描述內含子中突變鹼基與相鄰外顯子之間的關系。另外，基因突變也常以蛋白質水平的變化進行描述。
結合臨床常用的描述基因突變的參考序列，我們將會重點從cDNA層面以及蛋白質層面就不同突變的類型分別進行舉例說明。
以cDNA為參考序列的突變表達方式
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替換：指與參考序列相比，一種鹼基被另一種鹼基所取代；以符號“>”進行表示；如：c.123A>T，表示與參考序列相比，第123位的A被T所取代；
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缺失：指與參考序列相比，一個或多個鹼基缺失的現象；以“del”進行表示；如：c.2052delA，表示與參考序列相比，第2052位發生A的缺失；
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插入：指與參考序列相比，一個或多個鹼基增添的現象；以“ins”進行表示；如：c.5756_5757insAGG，表示與參考序列相比，在第5756 與5757位點之間插入了三個鹼基AGG；
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缺失插入：指與參考序列相比，一個或多個鹼基被其他鹼基所取代的現象，並且這種變異不包括替換突變、倒置以及轉換突變；以“delins”進行表示；如：c.6775delinsGA，表示與參考序列相比，第6775位缺失了一個鹼基，同時缺失的鹼基被GA做取代；
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重復：指與參考序列相比，包含一個或多個鹼基的拷貝以插入的形式直接摻入序列中的現象；以“dup”進行表示；如：c.6_8dupT，表示從第6位到第8位發生了T的重復；
此外，為了更好地理解內含子中鹼基突變的表現形式，我們首先來了解一下DNA序列中各鹼基所處的位置，如下圖所示：
核苷酸編碼示意圖
在圖中可以看出，從起始密碼開始到終止密碼為止，外顯子序列的編號是連續的，而5'非翻譯區、3'非翻譯區以及內含子區的編碼都是與外顯子序列的編碼密切相關的。
因此，內含子中鹼基的替換、缺失、插入等突變的表現形式就可以分別表示為：c.36+1G>T（c.36前一段編碼區域或者說前面一個外顯子的最后一個鹼基位於編碼區36位，+1代表這個外顯子挨着的后面的內含子的第一個鹼基）；c.(4071+1_4072-1)_(5154+1_5155-1)del（表示兩個外顯子之間的序列發生缺失）；c.37+1_37+2insATC（表示在“37+1”與“37+2”位點間插入鹼基ATC）。
以蛋白質為參考序列的突變表達方式
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替換：如p.Trp26Cys，表示第26位的Trp被Cys取代（錯義突變）；p.Trp26Ter (p.Trp26*)，表示第26位的Trp變為終止密碼（無義突變）；p.Cys123=，表示基因突變之后，氨基酸沒有發生改變（同義突變）；
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缺失：如p.Ala3_Ser5del，表示多肽序列中從第3位的Ala到第5位的Ser發生了缺失；
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插入：如p.Lys2_Gly3insGlnSerLys，表示在第2位的Lys和第3位的Gly之間插入了GlnSerLys；
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插入缺失：如p.Cys28delinsTrpVal，表示第28位的Cys缺失，同時被TrpVal取代；
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重復：如p.Ala2[10]，表示第2位的Ala重復了10次；
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移碼突變：在起始密碼子和終止密碼子之間的讀碼框發生了改變；以“fx”進行表示；如p.Arg97ProfsTer23，表示第97位的Arg是首個發生改變的氨基酸，且Arg變為Pro，同時發生移碼突變后，終止密碼的位置變為第23位；
以上內容從不同維度（DNA&蛋白質水平）總結了常見突變類型的表現形式。研究證明，有些特定的突變形式與腫瘤的發生發展密切相關，而有些基因突變位點又與腫瘤的靶向治療息息相關。未來，測序技術應用范圍不斷擴大，能夠挖掘出更多的葯物作用靶點，因此基因突變命名規則的統一對於科技工作者來說尤為重要。期待未來在測序技術應用范圍不斷擴大的基礎上，能夠挖掘出更多的葯物作用靶點，為腫瘤的精准治療提供更多的幫助。
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