如何利用R包qqman畫曼哈頓圖？

 

如何利用R包qqman畫曼哈頓圖？

2017-07-10 lili 生信人

  眾多周知，R語言提供了各種各樣的包，方便實現我們的目的，下面給大家介紹一個可以便捷的畫曼哈頓圖的包：qqman

install.packages(“qqman”)  # 安裝包

library(“qqman”)  #加載包

data(package=“qqman”)  #　查看qqman包中的測試數據，此包中包含gwasResults snpsOfInterest 兩個測試數據

View(gwasResults)  #查看　gwasResult的數據格式

head(snpsOfInterest)#查看　snpsOfInterest的數據格式

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1.數據格式。

 

文件命名為gwasResults

 

表頭依次是SNP(snp名稱，字符型，命名時以“rs”開頭),CHR（染色體編號，整型）,BP（鹼基位置，整型）,P（數值型）

 

2.snpsOfInterest

 

 

文件中是需要高亮的snp位點

 

3. 參數說明

 

 

x: 輸入數據

col: 定義x軸染色體的顏色　

chrlabs：自定義染色體標號

suggestiveline: 添加一條橫線，默認值是－log10(1e－5)

genomewideline: 添加一條橫線，默認值是－log10(5e－10)

highlight: 需要標亮的snp位點

 

4.畫圖

Library(“qqman”)

manhattan(gwasResults)####出現下圖

manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))

#####出現下圖

當需要單獨畫某一條染色體時：

manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出現下圖