R中的參數傳遞函數：commandArgs(),getopt().

1.commandArgs(),是R自帶的參數傳遞函數，屬於位置參數。

##test.R
args=commandArgs(T)
print (args[1])##第一個外部參數
print (args[2])##第二個外部參數
##運行腳本:Rscript test.R first second
結果：

　　

2.getopt(),是getopt包的函數，需要先按照getopt包

getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE,debug = FALSE)

spec：一個4-5列的矩陣，里面包括了參數信息，前四列是必須的，第五列可選。

第一列：參數的longname，多個字符。

第二列：參數的shortname，一個字符。

第三列：參數是必須的，還是可選的，數字：0代表不接參數 ；1代表必須有參數；2代表參數可選。

第四列：參數的類型。logical；integer；double；complex；character；numeric

第五列：注釋信息，可選。

usage：默認為FALSE,這時參數無實際意義，而是以用法的形式輸出。

library(getopt)
spec = matrix(c(
  'verbose', 'v', 2, "integer",
  'help'   , 'h', 0, "logical",
  'count'  , 'c', 1, "integer",
  'mean'   , 'm', 1, "double",
), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
print(opt$count)
print(opt$mean)

　　

 3.如何制作腳本的幫助：

command=matrix(c("bam","b",1,"character",
                 "bed","d",1,"character",
                 "png","p",1,"character",
                 "help","h",0,"logical"),byrow=T,ncol=4)
args=getopt(command)
if (!is.null(args$help) || is.null(args$bam) || is.null(args$png) || is.null(args$bed)) {
    cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))
    q()
}