『科學計算』可視化二元正態分布&3D科學可視化實戰


二元正態分布可視化本體 

由於近來一直再看kaggle的入門書(sklearn入門手冊的感覺233),感覺對機器學習的理解加深了不少(實際上就只是調包能力加強了),聯想到假期在python科學計算上也算是進行了一些嘗試學習,覺得還是需要學習一下機器學習原理的,所以重新啃起了吳恩達的cs229,上次(5月份的時候?)就是在多元高斯分布這里吃的癟,看不下去了,這次覺定穩扎穩打,不求速度多實踐實踐,盡量理解數學原理,所以再次看到這部分時決定把這個分布復現出來,吳恩達大佬用的matlab,我用的python,畫的還不錯,代碼如下,

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d
from matplotlib import cm
import matplotlib as mpl

num = 200
l = np.linspace(-5,5,num)
X, Y =np.meshgrid(l, l)

u = np.array([0, 0])
o = np.array([[1, 0.5],
              [0.5, 1]])

pos = np.concatenate((np.expand_dims(X,axis=2),np.expand_dims(Y,axis=2)),axis=2)

a = (pos-u).dot(np.linalg.inv(o))
b = np.expand_dims(pos-u,axis=3)
Z = np.zeros((num,num), dtype=np.float32)
for i in range(num):
    Z[i] = [np.dot(a[i,j],b[i,j]) for j in range(num)]
Z = np.exp(Z*(-0.5))/(2*np.pi*np.linalg.det(o))
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111,projection='3d')
ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=5, cstride=5, alpha=0.3, cmap=cm.coolwarm)

cset = ax.contour(X,Y,Z,10,zdir='z',offset=0,cmap=cm.coolwarm)
cset = ax.contour(X, Y, Z, zdir='x', offset=-5,cmap=mpl.cm.winter)
cset = ax.contour(X, Y, Z, zdir='y', offset= 5,cmap= mpl.cm.winter)
'''
mpl.cm.rainbow
mpl.cm.winter
mpl.cm.bwr  # 藍,白,紅
cm.coolwarm
'''

ax.set_xlabel('X')
ax.set_ylabel('Y')
ax.set_zlabel('Z')
plt.show() 

實際操作中,可以看到我在Z生成部分使用了雙層循環,我本意是使用numpy廣播機制優化掉循環,實際操作不太順利,(20,20,2)去叉乘(20,20,2,1),結果shape不是我期望的(20,20,1),而是(20,20,20,20,1),也就是說在高維叉乘時其實廣播機制不太好用,畢竟實際上兩個不同維度矩陣是可以直接叉乘的(雖然對維度有要求),這一點值得注意(高維矩陣叉乘不要依賴numpy的廣播機制)。

 

參數:

u = np.array([0, 0]) 
o = np.array([[1, 0.5],
[0.5, 1]])

 

參數:

u = np.array([1, 1])
o = np.array([[1, 0],
[0, 1]])

 參數:

u = np.array([1, 1])
o = 3*np.array([[1, 0],
[0, 1]])

 

 

等高線圖添加

我們單獨繪制一下等高線圖,

# 前面添加圖的位置修改如下,
# ax = fig.add_subplot(211,projection='3d')

ax2 = fig.add_subplot(212)
cs = ax2.contour(X,Y,Z)
ax2.clabel(cs, inline=1, fontsize=20)

高斯判別分析模型示意圖可視化

現在我們在上面代碼的基礎上可視化吳恩達老大的下一節的圖,高斯判別分析模型可視化,這里面我們僅僅可視化基礎的雙高斯獨立分布,代碼如下,

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d
from matplotlib import cm
import matplotlib as mpl

num = 200
l = np.linspace(-5,5,num)
X, Y =np.meshgrid(l, l)
pos = np.concatenate((np.expand_dims(X,axis=2),np.expand_dims(Y,axis=2)),axis=2)

u1 = np.array([2, 2])
o1 = 3*np.array([[1, 0],
              [0, 1]])
a1 = (pos-u1).dot(np.linalg.inv(o1))
b1 = np.expand_dims(pos-u1,axis=3)
Z1 = np.zeros((num,num), dtype=np.float32)

u2 = np.array([-2, -2])
o2 = 3*np.array([[1, 0],
              [0, 1]])
a2 = (pos-u2).dot(np.linalg.inv(o2))
b2 = np.expand_dims(pos-u2,axis=3)
Z2 = np.zeros((num,num), dtype=np.float32)

for i in range(num):
    Z1[i] = [np.dot(a1[i,j],b1[i,j]) for j in range(num)]
    Z2[i] = [np.dot(a2[i,j],b2[i,j]) for j in range(num)]
Z1 = np.exp(Z1*(-0.5))/(2*np.pi*np.linalg.det(o1))
Z2 = np.exp(Z2*(-0.5))/(2*np.pi*np.linalg.det(o1))

Z = Z1 + Z2

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(211,projection='3d')
ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=5, cstride=5, alpha=0.3, cmap=cm.coolwarm)

cset = ax.contour(X,Y,Z,10,zdir='z',offset=0,cmap=cm.coolwarm)
cset = ax.contour(X, Y, Z, zdir='x', offset=-5,cmap=mpl.cm.winter)
cset = ax.contour(X, Y, Z, zdir='y', offset= 5,cmap= mpl.cm.winter)
'''
mpl.cm.rainbow
mpl.cm.winter
mpl.cm.bwr  # 藍,白,紅
cm.coolwarm
'''

ax.set_xlabel('X')
ax.set_ylabel('Y')
ax.set_zlabel('Z')
plt.show()

ax2 = fig.add_subplot(212)
cs = ax2.contour(X,Y,Z)
ax2.clabel(cs, inline=1, fontsize=20)

不過吳老大的圖兩個高斯分布投影是分開的,所以我們再次小改繪圖部分,

cset = ax.contour(X,Y,Z1,10,zdir='z',offset=0,cmap=cm.coolwarm)
cset = ax.contour(X,Y,Z2,10,zdir='z',offset=0,cmap=cm.coolwarm)
cset = ax.contour(X, Y, Z, zdir='x', offset=-5,cmap=mpl.cm.winter)
cset = ax.contour(X, Y, Z, zdir='y', offset= 5,cmap= mpl.cm.winter)
'''
mpl.cm.rainbow
mpl.cm.winter
mpl.cm.bwr  # 藍,白,紅
cm.coolwarm
'''

ax.set_xlabel('X')
ax.set_ylabel('Y')
ax.set_zlabel('Z')
plt.show()

ax2 = fig.add_subplot(212)
cs = ax2.contour(X,Y,Z1)
ax2.clabel(cs, inline=1, fontsize=20)
cs2 = ax2.contour(X,Y,Z2)
ax2.clabel(cs2, inline=1, fontsize=20)

顯示如下,框子不夠標准導致圓有點變形,不過這個可以通過手動拉伸得到優化,所以問題不大,

有關多元正態分布的數學原理建議自行百度(cs229的學習不會在博客上更新,主要是因為我非常非常討厭打數學公式233)。


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