在Prefuse上摸打滾爬了一段時間，發現其和藹可親，容易上手。但是每每在打開gephi，導入數據再運行時，總還是在心里暗自贊嘆gephi的絢爛之極，無與匹敵，當然，gephi也有自己的缺陷，但是gephi是一個在發展的、進步的、不斷壯大的開源軟件。縱使她曾經那般傷我，我仍是對其戀戀不舍，好吧，我已經病入膏肓。。。。。
言歸正傳，Gephi是一款開源免費跨平台基於JVM的復雜網絡分析軟件, 其主要用於各種網絡和復雜系統，動態和分層圖的交互可視化與探測開源工具。可用作：探索性數據分析，鏈接分析，社交網絡分析，生物網絡分析等。因為Gephi是開源軟件，所以可以獲取其源碼，允許開發者去擴展和重復使用。
Gephi開發平台：Netbeans平台（因為之前對於這句話理解不深，在eclipse環境下浪費了不少時間）
開發語言：Java
可視化引擎：OpenGL
Gephi官網： http://gephi.github.io/
Gephi的視頻介紹： http://v.youku.com/v_show/id_XMjU5MDUwMjg4.html
Gephi API幫助文檔：https://gephi.org/docs/api/
Gephi Toolkit： http://gephi.github.io/toolkit/
Gephi 論壇： https://forum.gephi.org/
貼上gephi做的兩張圖：
現在，我們就深入Gephi，好好了解下這個strong visual tool，這次我們不走源碼，作為過來人，我還是想提醒下，如果java功底不是很扎實或是不太熟悉Netbeans開發平台以及Swing編程知識的可以走曲線，接近Gephi，否則會讓自己焦頭爛額，越陷越深，不可自拔^_^。下面通過一個實例，講解如果新建一個Gephi實例，進行可視化展示：
(1)創建一個project、一個workspace，這是必做的工作，是進行后續操作的前提：
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//Init a project - and therefore a workspace
ProjectController pc = Lookup.getDefault().lookup(ProjectController.
class
);
pc.newProject();
Workspace workspace = pc.getCurrentWorkspace();
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（2）得到該空間的各個模型以及控制器，方便后面使用：
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//Get models and controllers for this new workspace - will be useful later
AttributeModel attributeModel = Lookup.getDefault().lookup(AttributeController.
class
).getModel();
GraphModel graphModel = Lookup.getDefault().lookup(GraphController.
class
).getModel();
PreviewModel model = Lookup.getDefault().lookup(PreviewController.
class
).getModel();
ImportController importController = Lookup.getDefault().lookup(ImportController.
class
);
FilterController filterController = Lookup.getDefault().lookup(FilterController.
class
);
RankingController rankingController = Lookup.getDefault().lookup(RankingController.
class
);
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（3）導入數據，使用Container接收，並將數據導入到空間中：
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//Import file
Container container;
try
{
File file =
new
File(getClass().getResource(
"/org/gephi/toolkit/demos/resources/polblogs.gml"
).toURI());
container = importController.importFile(file);
container.getLoader().setEdgeDefault(EdgeDefault.DIRECTED);
//Force DIRECTED
}
catch
(Exception ex) {
ex.printStackTrace();
return
;
}
//Append imported data to GraphAPI
importController.process(container,
new
DefaultProcessor(), workspace);
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（4）通過打印信息，驗證圖形數據是否導入成功：
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//See if graph is well imported
DirectedGraph graph = graphModel.getDirectedGraph();
System.out.println(
"Nodes: "
+ graph.getNodeCount());
System.out.println(
"Edges: "
+ graph.getEdgeCount());
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（5）對圖形數據進行過濾操作：
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//Filter
DegreeRangeFilter degreeFilter =
new
DegreeRangeFilter();
degreeFilter.init(graph);
degreeFilter.setRange(
new
Range(
30
, Integer.MAX_VALUE));
//Remove nodes with degree < 30
Query query = filterController.createQuery(degreeFilter);
GraphView view = filterController.filter(query);
graphModel.setVisibleView(view);
//Set the filter result as the visible view
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（6）通過打印信息，驗證過濾操作是否起作用：
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//See visible graph stats
UndirectedGraph graphVisible = graphModel.getUndirectedGraphVisible();
System.out.println(
"Nodes: "
+ graphVisible.getNodeCount());
System.out.println(
"Edges: "
+ graphVisible.getEdgeCount());
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（7）執行YifanHuLayout布局算法：
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//Run YifanHuLayout for 100 passes - The layout always takes the current visible view
YifanHuLayout layout =
new
YifanHuLayout(
null
,
new
StepDisplacement(1f));
layout.setGraphModel(graphModel);
layout.resetPropertiesValues();
layout.setOptimalDistance(200f);
layout.initAlgo();
for
(
int
i =
0
; i <
100
&& layout.canAlgo(); i++) {
layout.goAlgo();
}
layout.endAlgo();
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（8）根據節點度值分配節點顏色：
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//Rank color by Degree
Ranking degreeRanking = rankingController.getModel().getRanking(Ranking.NODE_ELEMENT, Ranking.DEGREE_RANKING);
AbstractColorTransformer colorTransformer = (AbstractColorTransformer) rankingController.getModel().getTransformer(Ranking.NODE_ELEMENT, Transformer.RENDERABLE_COLOR);
colorTransformer.setColors(
new
Color[]{
new
Color(
0xFEF0D9
),
new
Color(
0xB30000
)});
rankingController.transform(degreeRanking,colorTransformer);
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（9）分配節點大小：
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//Rank size by centrality
AttributeColumn centralityColumn = attributeModel.getNodeTable().getColumn(GraphDistance.BETWEENNESS);
Ranking centralityRanking = rankingController.getModel().getRanking(Ranking.NODE_ELEMENT, centralityColumn.getId());
AbstractSizeTransformer sizeTransformer = (AbstractSizeTransformer) rankingController.getModel().getTransformer(Ranking.NODE_ELEMENT, Transformer.RENDERABLE_SIZE);
sizeTransformer.setMinSize(
3
);
sizeTransformer.setMaxSize(
10
);
rankingController.transform(centralityRanking,sizeTransformer);
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（10）預覽效果配置，並呈現到Display上，添加到JFrame，進行界面話展示：
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//Preview
PreviewController previewController = Lookup.getDefault().lookup(PreviewController.
class
);
model.getProperties().putValue(PreviewProperty.SHOW_NODE_LABELS, Boolean.TRUE);
model.getProperties().putValue(PreviewProperty.EDGE_COLOR,
new
EdgeColor(Color.GRAY));
model.getProperties().putValue(PreviewProperty.EDGE_THICKNESS,
new
Float(
0
.1f));
model.getProperties().putValue(PreviewProperty.NODE_LABEL_FONT, model.getProperties().getFontValue(PreviewProperty.NODE_LABEL_FONT).deriveFont(
8
));
previewController.refreshPreview();
//New Processing target, get the PApplet
ProcessingTarget target = (ProcessingTarget) previewController.getRenderTarget(RenderTarget.PROCESSING_TARGET);
PApplet applet = target.getApplet();
applet.init();
//Refresh the preview and reset the zoom
previewController.render(target);
target.refresh();
target.resetZoom();
//Add the applet to a JFrame and display
JFrame frame =
new
JFrame(
"Test Preview"
);
frame.setLayout(
new
BorderLayout());
frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
frame.add(applet, BorderLayout.CENTER);
frame.pack();
frame.setVisible(
true
);
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控制台打印信息為：
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# Nodes loaded: 1490
# Edges loaded: 19025
Nodes: 1490
Edges: 19025
Nodes: 397
Edges: 10599
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執行的結果如下圖所示：
了解Prefuse的API以及創建一個Prefuse應用的思路詳見《漫談可視化Prefuse（二）---一分鍾學會Prefuse》，再回首看Gephi Toolkit創建gephi應用的思路也是如出一轍，后續有時間將繼續Gephi Toolkit之旅！
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本文鏈接：《Gephi可視化（一）——使用Gephi Toolkit創建Gephi應用》
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