注：安裝環境：Ubuntu 16.04 LTS，LAMMPS-14May16，MPICH3.2，FFTW3.3.4，VMD1.9.3
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款經典的開源分子動力學軟件，對於求解凝聚態材料、軟物質等體系效率很高，在材料模擬領域有很廣泛的應用。本文主要介紹LAMMPS的單機版、並行版以及超算中心集群上的安裝。
1 LAMMPS單機版安裝
解壓后 cd lammps-14May16/src
打開Makefile.serial，目錄為lammps-14May16/src/MAKE/
下面的幾行的意思是為計算機搭建一個虛擬的MPI庫STUBS
MPI_INC = -I../STUBS
MPI_PATH = -L../STUBS
MPI_LIB = -lmpi_stubs
單機版安裝很簡單，在src目錄下輸入命令make serial，可以發現生成了lmp_serial可執行文件，然后進入example/shear目錄測試一下，在in.shear文件中尋找下面這一行：
#dump 1 all atom 100 dump.shear
刪掉#后運行../../src/lmp_serial < in.shear，將會生成dump.shear文件，之后將會用它來進行可視化。
2 LAMMPS並行版安裝
首先下載安裝FFTW3和MPICH3，后者可以用OpenMPI替代。
安裝FFTW3.3.4
默認FFTW會安裝到/usr/local/下，但是安裝目錄可以改變./configure --prefix=/home/foo/fftw
chmod +x configure
./configure
make
sudo make install
安裝MPICH
進入解壓后的文件夾后
mkdir /home/foo/mpich-install
./configure --prefix=/home/foo/mpich-install 2>&1 | tee c.txt
make 2>&1 | tee m.txt
sudo make install 2>&1 | tee mi.txt
安裝好了mpich以后需要設置環境變量，在用戶目錄下輸入gedit .bashrc，在最后添加下面兩行，保存后輸入命令source .bashrc即可
PATH=/home/foo/mpich-install/bin:$PATH ; export PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$PATH:/home/foo/mpich-install/lib
輸入which mpicxx，看看返回的是不是正確的路徑，如果正確的話說明安裝成功。
現在必要的軟件都安裝好了，假設你之前安裝過單機版的LAMMPS，首先進入lammps-14May16/src目錄清理一下sudo make clean-all。如果有特殊需求，那么在安裝lammps可執行文件之前要先安裝一些額外的包，如在正式編譯之前輸入這樣的命令make yes-class2 yes-rigid yes-shock，即首先要安裝class2、rigid、shock包。這些包的安裝比較簡單，但還有一些包的安裝需要額外的庫，如果在實際科研中用到，參考Manual安裝即可。
編譯LAMMPS
注：編譯的時候Makefile里的編譯器選項如果設置成mpicxx的話，后面的MPI相關選項就可以不必設置
下面是簡便的編譯方案——在MAKE/OPTIONS目錄里面尋找Makefile.g++_mpich和Makefile.fftw這兩個Makefile，把后者設置fftw的部分整體復制到Makefile.g++_mpich里的對應位置（如果前面修改了fftw的安裝目錄，則要做必要的修改），將這個文件復制到MAKE/MINE里面，修改文件名為Makefile.foo
回到src目錄，命令行輸入sudo make foo -j 4，注意這里的foo即為Makefile.xxx的后綴（我用了4個核來編譯，可以在make后緊接着加-j N來表示使用N個核編譯，如果順利的話，可以生成lmp_foo可執行文件
將LAMMPS添加到環境變量
不想在以后調用lammps求解時都得輸入絕對路徑，那就把它加到環境變量里吧（參考上面的添加方法）：
PATH=/home/foo/lammps-14May16/src:$PATH ; export PATH
測試一下
cd ../examples/shear/
在in.shear文件中尋找下面這一行，並將前面的#刪掉：
#dump 1 all atom 100 dump.shear
運行mpiexec -n 4 lmp_foo < in.shear，順利的話可以生成dump.shear文件。
其他莫名其妙的錯誤
大多數錯誤都源自於少了某些依賴包（看到那些紅色的fatal error尤其可能），使用sudo apt-get + Baidu就可以解決大部分問題，因此不必慌亂。
3 LAMMPS集群安裝
在一般的超算平台上編譯，需要ssh到編譯節點，例如ssh gs0110，然后在用戶節點下編譯fftw
如果計算中心節點有openmpi並行環境，修改Makefile.g++_openmpi文件，把fftw3的標識路徑按照Makefile.fftw的形式修改為自己安裝的路徑。最后修改Makefile.g++_openmpi文件名為Makefile.foo
進入src文件夾，make foo -j 12
4 使用VMD可視化
計算完了，看着命令行飛速的閃過一行行的數據，很過癮吧:P。可是計算完了以后呢？LAMMPS到底干了些什么？這就需要進行可視化，把計算結果用圖片或者動畫的形式形象的展現在我們的眼前，下面我就用前面產生的dump文件，用VMD來進行可視化操作。
進入VMD網站，提示還要注冊，沒關系。下載一個對應於自己計算機的壓縮包，我下載的是vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz。進入文件夾后，注入命令./configure會提示你輸入在后面加上LINUXAMD64（或別的類似的），因此安裝流程如下：
cd vmd-1.9.3
./configure LINUXAMD64
cd src
sudo make install
安裝成功以后直接在命令行里輸入vmd就可以將程序調出來，選擇New Molecule，然后導入我們之前計算得到的dump.shear文件，記得在Determine file type一欄選擇LAMMPS trajectory選項。
導入以后，可以得到這樣的構型，拖動main對話框下面的滑動條就可以看到體系的剪切行為，大功告成！
5 MD相關資源推薦
對剛剛接觸這一個領域的初學者而言，一些指引是很有必要的。我就把我覺得有用的資源貼在這里，以后也會經常更新，供需要的同學參考。
祝大家學習愉快，以后的科研生活步步順利！
軟件：
- VMD：不用多說了吧，很強大的一款后處理軟件。
- Atomeye：MIT的一位博士自己寫的，通過一些指令來實現可視化操作，使用起來很方便。
- Avogadro：界面很友好，開源的，在Ubuntu下需要安裝各種各樣的依賴軟件，我沒弄成功，所以在Windows里使用。我感覺和Materials Studio有點類似，直接能夠建立分子甚至DNA雙螺旋結構。
- EMC：主要用來建立隨機結構。
- Packmol： 命令很簡單，用於建立分子隨機排布效果挺好的。
- moltemplate：很強大，我用的很多。可以按照自己的想法來建立模型，沒有圖形界面，主要通過代碼式的操作，因此需要和VMD等聯合起來使用。
- OVITO：全平台的可視化軟件，Windows和Ubuntu中都可以使用，操作簡便。
資料：
- 用matlab寫一個100行的分子動力學模擬程序：大神寫的MATLAB程序，可以參考着理解MD算法。
- 《計算化學——從理論到分子模擬》 陳敏伯 著
- 《分子模擬的理論與實踐》 陳正隆 著