參考文獻：
基於因特網的常用化合物活性數據庫簡介
葯物靶點數據庫的應用進展_龐曉叢_劉艾林_杜冠華
1、Chembl數據庫：
Chembl數據庫是歐洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）開發的一個在線的免費數據庫，它通過從大量文獻中收集各種靶點及化合物的生物活性數據，為葯物化學家們提供了一個非常便利的查詢靶點或化合物的生物活性數據的平台。目前，該數據庫共收集了9414個靶點，156.6萬個化合物，共有1200萬條生物活性信息。通過該數據庫，用戶可以快速查詢到某個靶點目前以報道的化合物及其活性信息，也可以查詢某個化合物在哪些靶點做個生物活性測試及其數據。這些數據都來源於各種已報道的文獻，數據較為可靠，且能夠溯源，查詢到數據的出處。通過該數據庫，用戶可以節省大量查閱文獻和收集化合物數據的時間，快速獲取准確的化合物及其生物學數據，進一步加速葯物設計和葯物開發的速度。
這里我們將給大家介紹，如果通過Pipeline Pilot來自動獲取Chembl數據庫中的數據，從而將查詢到的靶點或化合物的活性數據直接后續的定量構效關系（QSAR）、葯效團、分子對接等葯物分析中。
Chembl數據庫通過Web Service，為用戶提供了豐富的查詢接口，可以進行各種信息的查詢：如查詢化合物的圖像，活性信息，相似搜索，子結構搜索；靶點的活性信息，序列；分析測試的文獻信息等。
圖1 Chembl的化合物的子結構搜索查詢語法
通過使用Pipeline Pilot中的XML reader或者是JSON reader組件，我們就可以直接在線地獲取Chembl數據庫的數據。Chembl化合物查詢中，需要將化合物轉換成SMILES碼，這個轉換我們可以使用Molecules to Smiles組件進行轉換；同樣的，Chembl數據庫獲取數據中的化合物結構都是SMILES碼，我們也可以很方便地利用Pipeline Pilot進行生成對應的化合物結構。
圖2 Pipeline Pilot進行Chembl的化合物的相似性搜索和根據靶點查詢
2、CTD數據庫
Mount Desert Island Biological Laboratory已經公開了“比較毒物遺傳學數據庫”（Comparative Toxicogenomics Database，網址是：http://ctd.mdibl.org,）。CTD（比較毒物遺傳數據庫）構建的目的是促進了解環境化合物對人類健康的影響。CTD首次為全世界的研究人員提供了集中、綜合的各種不同類型分子以及來自各種生物體的毒理學數據。
到目前為止，人們越來越接受這樣一個觀點：許多疾病都與環境因子和基因的相互作用有關。這個實驗室的研究人員整合了來自各種生物的關鍵數據（例如基因序列、化合物和比較參考），從而提供了一個有關基因－化合物相互反應的比較透視圖。這種“透視圖”對理解化合物產生毒性的分子機制至關重要。
這個透視圖還在毒性預測方面起到重要作用。已經有研究證明即使是親緣關系非常近的物種對接觸到的化合物也能產生極不相同的反應。CTD提供的數據將促使人們深入了解這些差異的遺傳基礎。
CTD在MDIBL建立，這個項目的主要參與者包括MDIBL的James L Boyer博士和John N. Forrest博士以及Carolyn J. Mattingly博士和Glenn T. Colby等。