讀寫生信流程必備的 Perl 語法

最早就是寫Perl的，后來來到公司轉Python，現在又要負責流程了，開始重拾Perl，當然是借鑒別人現有的語法，我再重新組合。

基本語法就不介紹了，參照我之前文章 Perl

 

模塊

use strict;

 

use File::Path;

【Perl】Path::File 目錄的創建和刪除

內置模塊，導入之后就可以隨時創建和刪除目錄了，mkpath("LZX")；rmtree("LZX")；

 

use Getopt::Long;

perl 中的有關控制參數的模塊，參考：在Perl中使用Getopt::Long模塊來接收用戶命令行參數

 

my $usage = <<USAGE;
Description: main pipeline for metagenomic analysis based on IGC, version 2016a
USAGE

USAGE 在這里通俗講就是一個標記，它用來標記一段文字（一般都是多行的，省得編碼麻煩，用"<<"加上一個標記就可以把一大段代碼存入到一個變量中去了）；$usage = <<USAGE 的意思就是說：下一行開始，直到遇見“USAGE”為止，所有的字符都按照指定的格式存入變量usage中。你可以用EEE，MAMA等等其他的名字都可以，就是一個標記而已，它的作用就是簡化輸入。

一般都有后續，die $usage if (!$conf || !$rawFqList || $help);

類似open(MYFILE, "myfile") || die "Cannot open myfile: $!/n"; 程序結束，打印$usage 標量。

 

use File::Basename;

perl File::Basename 模塊

File::Basename 模塊 從文件名中抽取基名，取不包括路徑的文件名。

 

use FindBin '$Bin';

use Cwd qw(abs_path);

[Perl]如何取絕對路徑:FindBin模塊和Cwd模塊用法和區別

通過FindBin qw($Bin)獲取的是腳本所在目錄的絕對路徑
通過Cwd qw(abs_path getcwd)獲取的是運行腳本時所在的目錄的絕對路徑

$outdir = abs_path $outdir;

 

use Config::General;

Config::General

 

語法

return \%hash

參考： Perl引用reference（\運算符）

 

my %config = %$config;

my @array2 = @{$array_r};  #拷貝了數組

對引用變量解引用通過{$var_r}實現；

 

 

$outdir ||= "./";

=~是正則匹配運算符，||=是或等賦值運算符。表示如果$outdir為非false，那么$outdir還是$outdir，否則，$outdir被賦值為./。

 

正則表達式

 

 

notepad++使用技巧

我喜歡用notepad++來寫perl代碼，默認綁定.pl后綴

注釋

快捷鍵如下：

單行、多行注釋   //方式  ：ctrl+k

區塊注釋  / * * /方式 ：ctrl+q

取消單行、多行、區塊注釋  ：ctrl+shift+k

如果感覺默認的快捷鍵不方便，可以修改成自己習慣的快捷鍵：設置-管理快捷鍵-Mainmenu選項卡下的第42-44項是上述快捷鍵選中某項，點擊下面的modify就可以換成自己習慣的方式啦~