perl -MCPAN -e shell
install Bio::SeqIO
或者直接perl -MCPAN -e 'install Excel::Writer::XLSX'
用cpan裝不上，編譯有問題，嘗試用conda，成功安裝。
conda install -c bioconda perl-bioperl
然后還需要導出perllib，讓perl能找到指定的pm包。
同時學perl、python和shell腳本會很容易將它們的語法搞混，本文主要是一個個人的總結，方便要用時的查詢。
perl基本語法、安裝、幫助文檔
文件頭格式：
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings;
運行perl腳本:
#調用perl程序 perl test.pl #可執行腳本 chmod 755 test.pl ./test.pl
基本讀寫：
#鍵盤輸入 $a = <STDIN>; chomp($a); print $a; #文件輸入 open(IN, "<test.txt") or die "Cannot open file:$!\n"; open(OUT, ">test.txt") or die "Cannot open file:$!\n"; while(<IN>){ chomp; print OUT "1. $_"; last; }; close(IN); close(OUT);
基本控制流:
if( ){ }elsif( ){ }else{ }
print "Hello!" if (1 == 1); #簡寫
while( ){ $count++; } for($i; $i <= 10; $i++){ } foreach (@array){ print $_; }
last; #break next; #continue
數據結構：標量變量（$），列表（），數組（@），哈希（%），文件句柄（<>）
語法結構：語句以分號（；）結束，代碼塊使用花括號{}划分，動態語言不必指明變量類型
單雙引號：單引號q（），所有原樣輸出；雙引號qq（），允許插入變量
語法慣例：perl中很多地方括號（）是可有可無的，特別是內置函數，如print、split等；可以使用遞增遞減運算符
安裝：Windows裝Active版本，（perl -v）檢查；linux裝，
$ tar -zxvf stable.tar.gz -C dir $ sh Configure # 配置 $ make # 安裝 $ make test #測試是否make成功 $ make install
幫助文檔:perldoc命令
perldoc #會提示用法 perldoc perl #會顯示詳細用法 perldoc perlfunc #三大模塊 perldoc perlop perldoc perlfaq
建議使用瀏覽器查看本地的HTML文檔:
查找索引
正則表達式（/ /、$1、=~、！~）；模式替換（=~ s/ /）；模式匹配規則；修飾符i和全局匹配g；grep函數（搜索數組）
鍵盤輸入（<STDIN>, chomp）；
函數（split、length、join、map、grep）
作用域（my、our、local）
perl版本更新與多版本安裝
特殊變量
$_：默認參數，就是當前的默認操作參數，在讀文件<FILE>、迭代for （@array）、split / /、print中非常重要
$!：標准錯誤輸出，一般只與or die語句連用
$1：正則表達式模式中第一個括號內的變量，如（.*）、（string），以此類推
@_：sub函數傳遞的參數數組，
字符串運算符
連接字符串:並置運算符（.）
轉義：反斜杠\
區分標量和字符串：{}顯示指定變量名，如${name}space
重復運算符（x），如“-”x 10
數組、哈希
列表：列表是常量，由圓括號（）創建，中間用逗號隔開
# 范圍運算符 @a = (1..10) @b = (1..10, 21..30) @list=(aa..zz);
創建數組：用列表（）創建數組
引用數組：用方括號[ ]下標引用數組
創建哈希：用列表（）創建哈希，為了好看，鍵值對以=>形式組織；也可以單個創建
引用哈希：用花括號{}引用哈希
數組操作
@name = (1..10); @b = @name[2,4,6]; print "my name is "; print "$#b";
（數值/字符串）比較
數字比較：（==、>、<、>=、<=、!=）
字符串比較：（eq、gt、lt、ge、le、ne）
print用法
print：可以直接接變量$var、@array、%hash，輸出的就是不帶空格回車，將所有元素連在一起，數組一坨，哈希一坨，其中哈希順序是亂的。
print：可以帶雙引號，數組之間有空格，可以分辨了；哈希失效了，沒有內容，就顯示出%hash。
print：輸出到文件時，文件句柄在前，中間是空格（不能是逗號），后面是輸出內容
q（）、qq（）、qw（）、qx{}
q（）：用單引號將內容括起來
qq（）：用雙引號將內容括起來
qw（）：用單引號將空格隔開的序列組裝成數組，會屏蔽里面的標量
# 兩者等價，最好不要有內嵌變量 @a = qw(abc def ghi) @b = ('abc','def','ghi')
qx{ }：捕獲命令輸出
$directory = `dir`; $directory_2 = qx{dir};
正則表達式、模式、替換、匹配規則、grep函數（完）
元字符（簡單元字符、轉義字符、通配符、字符類、分組和選擇、位置通配符）
替換（s/ / /）
修飾符 i 和 全局匹配 g
用於識別輸入流中的特定模式，一般是（/ /），m可以省略，$_是默認匹配對象，指定匹配對象用（=~），$1用於取出第一個括號內匹配
#模式里可以有標量變量 $name = "lizhixin"; $surname = "li"; print "yes, $1" if $name =~ /($surname)/;
模式匹配用途有二：1.條件判斷，用在if語句里；2.取出匹配上的模式，$1，對其進行操作。
- 默認正則表達式是返回真假，可用於條件判斷；
- 如果加入括號（），就可以用$1、$2…訪問相應模式，將（）（）（）等賦值給數組；或者用/ /g賦值給數組，選出所有模式種類
模式匹配規則：
- 從左向右依次匹配
- 找到一個匹配項就返回真
- 盡可能多的尋找能夠匹配的字符（不代表會全部輸出，除非像下面一樣指定，默認是輸出第一個匹配上的）
#//g能夠輸出所有的匹配項 $name = "lizhiixiii"; @result = $name =~ /(i+)/g; print "@result";
# i ii iii
圓點（.）：匹配除換行符外的所有單個字符；通常是（*.）連用，匹配所有；（.與其前面的字符無關，可出現在任意位置）
$a="lizhiiiixin"; print "$1" if $a =~ /(i.x)/; # iix
（+）：前面的字符要+（1~N次）（不能沒有i，一個i是底線）（必須存在前面的字符）
$a="lizhiiiixin"; print "$1" if $a =~ /(i+x)/; # iiiix
（*）：前面的字符要存在0次或多次（可以沒有前面的i）（必須存在前面的字符）
$a="lizhiiiixin"; print "$1\n" if $a =~ /(i*x)/; # iiiix print "$1\n" if $a =~ /(l*i)/; # li
（？）：前面的字符進行0次或一次匹配（必須存在前面的字符）
$a="l1zhhiixin"; print "$1\n" if $a =~ /(hi?)/; # h
{n, m} # n:匹配的最小次數；m：匹配的最大次數
/x{5,10}/ #好理解
/x{9,}/ #最少9次
/x{0,4}/ #0次（不出現），最多9次
/x{8}/ #剛好8次
/first.*last/ #可以匹配所有字符，包括所有
匹配方括號內中的任意字符（括號內的通配符^*等會失去原有的意義）
[abcde] #匹配其中任何一個字符 [a-e] #同上[0-9]+ #順序匹配一個或多個數字 [A-Za-z]{5} #匹配任何一組5個字母字符[^A-Z] #不匹配A-Z中的任何單個字符
字符類快捷方式
\w #一個單詞字符，同[a-zA-Z0-9_] \W #與\w相反 \d #一個數字，與[0-9]相同 \D #與\d相反 \s #一個白空間字符，同[\t\f\r\n] \S #與\s相反
# 使用字符類快捷方式\d\w+等 $name = "li12345 zhi xin"; print "$1\n" if $name =~ /(\d{5})/; print "$1\n" if $name =~ /(\s\w+\s)/;
分組和選擇（找任意一種模式，或）
print "yes\n" if (/dogs|cats/); print "yes\n" if (/(fr|b|fl|cl)og/); ($one, $two) = /(.*)\sis\s(.*)/;
位置通配符
/^Help/ #只匹配Help開頭的行 /^one.*two$/ #只匹配one開頭和two結尾的行 /^only$/ #只匹配包含only的行 /^$/ #匹配空行 /^/ #匹配非空行
#不匹配 if($a !~ /zi/){ print "not match.\n"; }
print "yes\n" if(m/Piglet/); # 如果使用的是斜杠//，那么m可以省略
$_="apple is red"; ($fruit, $color) = /(.*)\sis\s(.*)/;
正則匹配可能會有多種可能的匹配位點，但有時只返回一種最合適的匹配結果，請問這個結果是如何選出來的？（核心問題）
$a = "one fish, two frog, red fred, blue foul"; @F = $a =~ /(f\w\w\w)/g;
替換（返回匹配的數量）
$a = "lizhizhixin"; print "$a\n"; $a =~ s/zhi/xin/; #只替換第一個匹配到的模式 print "$a\n";
修飾符（/ /i）與多次匹配（/ /g）
$name = "LiZhixin"; print "yes, $1" if $name =~ /(^li)/i; # yes, Li
$seq = "ATCTGCAATTTCCTA"; $numA = 0; while ($seq =~ /T/g){ $numA++; } print "$numA\n";
grep函數（搜索數組，返回匹配元素或者修改匹配元素，條件可以使正則表達式或是其他條件）
@name = qw(li zhi xin); @result = grep(/^[^l]/, @name); print "@result"; # zhi xin
@result = grep(s/i/o/, @name); print "@result"; # lo zho xon
@result = grep(length($_)>2, @name); print "@result"; # zhi xin
函數
標准函數格式：
常用內置函數
split
int(5.20);
length(“nose”);
lc(“ME TOO”);
uc(“hal 9000”);
cos(50);
rand(5)
堆棧操作函數
push（）
pop（）
shift（）：將最后一個元素移走，常用語處理函數參數
unshift（）
命令行
上下文
chomp
chomp是運算符,可以用圓括號,也可以用空格;它會改變參數變量,其返回值是1或0
$a = "lizhiixn\n"; print $a; print "next\n"; chomp $a; print $a; print "next";
$b = chomp($a); #極少這么用
perl版本更新與多版本安裝
自己做服務器最好用Ubuntu，apt-get用着很方便，版本更新可以用系統自帶的軟件更新
Linux沒有注冊表，軟件安裝相對獨立，理論上所有軟件都是綠色版，只是稍微需要配置環境變量和軟鏈接
或者安裝多個版本，然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl，軟連接的指向問題
tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz cd perl-5.10.0 ./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl # 參數-Dprefix指定安裝目錄為/usr/local/perl make make test make install
mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak # 替換系統原有的perl ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl perl –v perl -MCPAN-e shell # 安裝一些其它perl模塊 #第一次執行的話，會提示安裝cpan並要求連接網絡下載最新的模塊列表.然后就可以安裝東西了 cpan> install DBI