seqtk 的安裝和使用


seqtk 是一款針對fasta/fastq 文件進行處理的小程序,有很多的功能,速度很快,很方便;

源代碼:https://github.com/lh3/seqtk

安裝:

    git clone https://github.com/lh3/seqtk

    cd seqtk

    make

測試:

    seqtk seq : 用途:

    1)將fastq 文件轉換成fasta 文件

    seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

    input.fastq的內容:

@NB001
ATGCACAAAACCCC
+
//////////////

    output.fasta 的內容:

>NB001
ATGCACAAAACCCC

    2)得到反向互補序列

    seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta

output.fasta的內容為:

>NB001
GGGGTTTTGTGCAT

   seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的鹼基組成

   seqtk comp input.fastq > out.txt

   out.txt 的內容為:

NB001    14    6    6    1    1    0    0    0    0    0    0    0

     第一列為序列的name; 第二列為長度,3-6列代表在該序列中A, C, G ,T 4中鹼基的數目

     用這個程序可以快速得到每條序列的長度

  


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