psi-blast學習
最近自己學習了一些新工具，最近在學習關於蛋白質相互作用位點的預測，在學習中，接觸了幾個新的工具，下面說說自己正在學習的psi-blast。
首先要說我用psi-blast用來做什么，在提取特征時，我需要用到pssm矩陣（保守性得分），用psi-blast可以得到我所需要的.pssm文件，該文件的內容就是我所需要的。
psi-blast的輸入文件是.fasta文件，輸出時按照自己的需求設置輸出文件的格式及路徑。
python調用Shell腳本具體實例代碼如下：
1 import os 2 import datetime 3 start=datetime.datetime.now() 4 names=[name for name in os.listdir('//home/liuff170/input') if os.path.isfile(os.path.join('//home/liuff170/input//', name))] 5 for each_item in names: 6 uniprotid=each_item.split('.')[0] 7 path='/home/liuff170/input/' + each_item 8 cmd='psiblast -evalue 10 -num_iterations 3 -db /home/liuff170/db/swissprot -query ' + path + ' -outfmt 0 -out /home/liuff170/blastout/out/'+uniprotid+'.fm0 -out_ascii_pssm /home/liuff170/blastout/pssm/'+uniprotid+'.pssm -num_alignments 1500 -num_threads 22' 9 #print(cmd) 10 os.system(cmd) 11 end=datetime.datetime.now() 12 print(end-start)
cmd=‘’里面是置運行psi-blast所需要的參數，-num_iterations 3迭代三次，
-outfmt 輸出.out文件
-out_ascii_pssm 輸出.pssm文件