之前一直只是在寫小程序腳本工具，幾乎不會對異常和錯誤進行控制和處理。
隨着腳本結構和邏輯更復雜，腳本輸出結果的准確性驗證困難，同時已發布腳本的維護也變得困難。所以也開始考慮引入異常處理和測試工具的事情。
不過好像R語言的異常處理似乎有些辣雞？查了下資料和try的文檔說明，感覺說的並不清楚。
在網上查了一些資料，對R語言異常處理做了比較詳細的說明，留檔作為參考。至於測試工具的問題，后續還是再考慮下。
文章鏈接：R語言-處理異常值或報錯的三個示例
原文參考了以下幾個網頁：
http://stackoverflow.com/questions/14059657/how-to-skip-an-error-in-a-loop
http://stackoverflow.com/questions/8093914/skip-to-next-value-of-loop-upon-error-in-r-trycatch (這個鏈接里還連接了非常多的關於R語言異常處理)。
============================= 本人的分割線 ===============================
在開始之前，或許應該參考一下其他語言里面的異常處理機制。
先奉上Java方面的參考資料：深入理解java異常處理機制
除了第4點，其他基本無參考意義。因為R已經將比較底層的東西給隱藏起來，異常(運行時異常、編譯異常等)方面的資料也缺少(cran文檔庫也沒有很具體的信息)。所以這里只參考第四點，討論處理異常機制。
R語言處理異常機制：
異常的處理分為拋出異常和捕捉異常。
拋出異常：當一個方法出現錯誤引發異常時，方法創建異常對象並交付運行時系統，異常對象中包含了異常類型和異常出現時的程序狀態等異常信息。
雖然不確定R中是否存在運行時系統這個概念，但是其他地方的描述，應該是跟Java的異常是一致的。
捕捉異常：
如果tryCatch中調用的語句產生一個錯誤，它會執行一個以error為參數的函數，並返回這個函數的值。以error為參數的函數，需要將錯誤本身作為一個參數(這里稱之為e)，但是我們可以不對它做任何操作。
當然，我們也可以使用較為簡單的try語句。選擇哪個基於各自的喜好。
假如你的語句產生一個錯誤，try會返回一個類型為try-error的對象，並將其信息輸出至屏幕(若silent=FALSE)。
===== 0524 更 ========
http://stackoverflow.com/questions/8093914/skip-to-next-value-of-loop-upon-error-in-r-trycatch
使用tryCatch需要知道很關鍵的一點: tryCatch會返回一個對象。見如下代碼：
x <- tryCatch(stop("Error"), error = function(e) e)
class(x)
"simpleError" "error" "condition"
如果在tryCatch中存在一個error，則這個返回的對象會繼承error類。我們可以通過inherit函數來檢驗類繼承。
另： 在tryCatch中的參數 error = function(e) e 是什么意思呢？
這有點難到我了。文檔中也沒有看到很好的解釋。這當中的過程是，這個參數會捕獲你在tryCatch中的代碼表達式產生的任何error信息。假如捕獲到error，它則將返回的值作為tryCatch的值(記住tryCatch會返回一個對象)。文檔中將其稱為calling handler。在 error = function(e)中的e, 就是你代碼表達式中的錯誤信息。
關於在循環代碼中使用next：
程序性編程中認為使用next不太好。所以假如想要在for循環中去掉next，可以考慮：
for (i in 1:39487) {
#ERROR HANDLING
possibleError <- tryCatch(
thing(),
error=function(e) e
)
if(!inherits(possibleError, "error")){
#REAL WORK
useful(i); fun(i); good(i);
}
} #end for
======= 果然不只是我對tryCatch的文檔雲里霧里.... ================
參見：Using R — Basic error Handing with tryCatch()
在開始之前，我們先了解下異常處理中的相關函數列表。以下是這方面函數的最精簡的列表了：
- warning(...) - 生成warnings
- stop(...) - 生成errors
- suppressWarnings(expr) - 運行expr表達式， 並忽略任何warnings
- tryCatch(...) - 運行代碼並賦值給異常處理器(exception handlers)
還有其他與異常處理相關的函數，不過以上這些已經足夠我們了解R的異常處理了。
R 異常處理與 JAVA中的try-catch-finally機制不同
如果你注意到的話，R在很多問題的處理上和其他大多數語言都不一樣。
Java、Python和C以及其他在此維基頁面(Exception handling syntax)上提到的語言，都使用語言語句(即關鍵字)來實現try-catch-finally。但R就特立獨行，它使用一個函數來實現....
不過如果你代碼寫的好的話，tryCatch()函數其實看起來和其他語言的try-catch語法差不多。上代碼：
result = tryCatch({
expr
}, warning = function(w) {
warning-handler-code
}, error = function(e) {
error-handler-code
}, finally = {
cleanup-code
}
在tryCatch()中，可以處理兩種情況：'warnings' 和 'errors'.要理解每一塊代碼的意義，關鍵是要清楚代碼的運行狀態與作用域。以下節選自?tryCatch文檔：
If a condition is signaled while evaluating ‘expr’ then [...] control is transferred to the ‘tryCatch’ call
that established the handler[...] and the result returned by the handler is returned as the value of the ‘tryCatch’ call. [...]
The ‘finally’ expression is then evaluated in the context in which ‘tryCatch’ was called.
'expr'一次執行一行，直到遇到'condition'，然后程序執行會完整地轉移給handler。
代碼能比文字表達更多信息。文末的獨立R腳本展現了一個健壯的異常處理系統的各種特性：
- 在一個函數中產生warnings和errors
- 在tryCatch()中設置warning和error處理器(handler)
- 當函數產生warning或error時，提供備選的返回值
- 修改warning和error信息的內容
- 抑制warning信息
復制粘貼文末的腳本，使其可執行，並使用以下命令執行：
$ chmod +x tryCatch.Rscript $ ./tryCatch.r 1 $ ./tryCatch.r 0 $ ./tryCatch.r a $ ./tryCatch.r $ ./tryCatch.r warning $ ./tryCatch.r error $ ./tryCatch.r suppress-warnings
注意當'suppress-warnings'時發生了什么。
以下是一些你需要知道的，關於這個實驗腳本的信息：
- tryCatch()的使用並不難(一旦你知道如何使用)
- condition handler 能訪問到warning()和stop()信息
- 在傳遞函數參數之前，准備好合適的類型轉換。
- 最理想的情況是，tryCatch()的代碼表達式只是一個單獨的函數。
以下是tryCatch.Rscript范例腳本。Hope You enjoy Error handling.
#!/usr/bin/env Rscript
# tryCatch.Rscript -- experiments with tryCatch
# Get any arguments
arguments <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
a <- arguments[1]
# Define a division function that can issue warnings and errors
myDivide <- function(d, a) {
if (a == 'warning') {
return_value <- 'myDivide warning result'
warning("myDivide warning message")
} else if (a == 'error') {
return_value <- 'myDivide error result'
stop("myDivide error message")
} else {
return_value = d / as.numeric(a)
}
return(return_value)
}
# Evalute the desired series of expressions inside of tryCatch
result <- tryCatch({
b <- 2
c <- b^2
d <- c+2
if (a == 'suppress-warnings') {
e <- suppressWarnings(myDivide(d,a))
} else {
e <- myDivide(d,a) # 6/a
}
f <- e + 100
}, warning = function(war) {
# warning handler picks up where error was generated
print(paste("MY_WARNING: ",war))
b <- "changing 'b' inside the warning handler has no effect"
e <- myDivide(d,0.1) # =60
f <- e + 100
return(f)
}, error = function(err) {
# error handler picks up where error was generated
print(paste("MY_ERROR: ",err))
b <- "changing 'b' inside the error handler has no effect"
e <- myDivide(d,0.01) # =600
f <- e + 100
return(f)
}, finally = {
print(paste("a =",a))
print(paste("b =",b))
print(paste("c =",c))
print(paste("d =",d))
# NOTE: Finally is evaluated in the context of of the inital
# NOTE: tryCatch block and 'e' will not exist if a warning
# NOTE: or error occurred.
#print(paste("e =",e))
}) # END tryCatch
print(paste("result =",result))