附錄3:RMA算法原理


RMA算法分三步:

一、背景校正(沒精力寫了)

二、歸一化(沒精力寫了)

 

三、計算表達值

 

假設有5張芯片,這些芯片的某個探針組包含5個探針,它們的表達值如下:

 

              GeneChip

      4  8  6  9  7

      3  1  2  4  5

Probe     6  10  7  12  9

      4  5  8  9  6

      7  11  8  12  10

 

1)獲取每一行的中位數:

 

              Rdelta

4  8  6  9  7    7

3  1  2  4  5    3

6  10  7   12   9    9

4  5  8  9  6      6

7  11  8  12  10    10

 

2)每一行減去這個中位數:

 

-3  1  -1  2  0  

0  -2  -1  1  2  

-3  1  -2  3  0  

-2  -1  2  3  0  

-3  1  -2  2  0  

 

(3)獲取每一列的中位數:

 

    -3  1  -1  2  0  

    0  -2  -1  1  2  

    -3  1  -2  3  0  

    -2  -1  2  3  0  

    -3  1  -2  2  0 

 

Cdelta   -3  1  -1  2  0

 

(4)每一列減去這個中位數:

 

0  0  0  0   0  

3  -3   0  -1     2  

0  0  -1  1    0  

1  -2  3  1  0 

0  0  -1  0  0 

 

(5)這時,(4)中的每一行、每一列的中位數都是0。若不符合這個條件,則重復執行(1~4)的步驟,直到符合為止。

 

6)原始矩陣:

 

4  8  6  9  7

3  1  2  4  5

6  10  7  12  9

4  5  8  9  6

7  11  8  12  10

 

減去(4)的矩陣:

 

0  0  0   0   0  

3  -3   0  -1  2  

0  0  -1  1  0  

1  -2  3  1  0 

0  0  -1  0  0 

 

得到:

4  8  6  9  7

0  4  2  5  3

6  10  8  11  9

3  7  5  8  6

7  11  9  12 10

 

每一列求平均值:

4  8  6  9  7

——>5個數是最終結果,代表5個樣品的該探針組的表達值

 


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