RMA算法分三步:
一、背景校正(沒精力寫了)
二、歸一化(沒精力寫了)
三、計算表達值
假設有5張芯片,這些芯片的某個探針組包含5個探針,它們的表達值如下:
GeneChip
4 8 6 9 7
3 1 2 4 5
Probe 6 10 7 12 9
4 5 8 9 6
7 11 8 12 10
(1)獲取每一行的中位數:
Rdelta
4 8 6 9 7 7
3 1 2 4 5 3
6 10 7 12 9 9
4 5 8 9 6 6
7 11 8 12 10 10
(2)每一行減去這個中位數:
-3 1 -1 2 0
0 -2 -1 1 2
-3 1 -2 3 0
-2 -1 2 3 0
-3 1 -2 2 0
(3)獲取每一列的中位數:
-3 1 -1 2 0
0 -2 -1 1 2
-3 1 -2 3 0
-2 -1 2 3 0
-3 1 -2 2 0
Cdelta -3 1 -1 2 0
(4)每一列減去這個中位數:
0 0 0 0 0
3 -3 0 -1 2
0 0 -1 1 0
1 -2 3 1 0
0 0 -1 0 0
(5)這時,(4)中的每一行、每一列的中位數都是0。若不符合這個條件,則重復執行(1)~(4)的步驟,直到符合為止。
(6)原始矩陣:
4 8 6 9 7
3 1 2 4 5
6 10 7 12 9
4 5 8 9 6
7 11 8 12 10
減去(4)的矩陣:
0 0 0 0 0
3 -3 0 -1 2
0 0 -1 1 0
1 -2 3 1 0
0 0 -1 0 0
得到:
4 8 6 9 7
0 4 2 5 3
6 10 8 11 9
3 7 5 8 6
7 11 9 12 10
每一列求平均值:
4 8 6 9 7
——>這5個數是最終結果,代表5個樣品的該探針組的表達值