java project是java工程，不包括JSP等前台頁面的代碼 大部分是CS結構的工程和一些jar包
web project是web工程，是BS結構的系統 web project部署到服務器上
任何用戶都可以通過瀏覽器來訪問 就想你訪問的百度這個網站一樣
1、當你是web應用時，比如說要建個網站，需要發布到服務器時，應該要建Web Project
2、當你是做分布式系統時，也就是你做的只是一個服務，對外發布也只是一個服務的時候，需要建立Web Services Project(不理解可以先研究下webservices)
3、當你僅僅是需要JDK來運行一些本地代碼的時候，只需要建Java Project就可以啦餓
想必大家在使用MyEclipse時對這兩個概念不去深究。只知道是Java EE類的基本都是Web項目，而Java應用程序就是Java項目。而且很多人都願意使用MyEclipse作為開發工具，且不說大家費盡心思去破解這個東西，而且那么多插件在啟動時的加載速度和內存占用，你甘心這么玩嘛？不甘心？繼續閱讀本文！無所謂，您可以去做點其他事情不要浪費時間在這里。當然本文不去解釋如何優化MyEclipse，相關說明大家更可以Google一下。
本人使用Classic Eclipse+所需插件(如WTP，SVN)+Tomcat6構建的開發環境，不僅插件按需安裝，而且運行速度快，占用內存小。
現在只是說說Java Project和Web Project，那么二者有區別么？回答：沒有！都是Java語言的應用，只是應用場合不同罷了，那么他們的本質到底是什么？回答：編譯后路徑！虛擬機執行的是class文件而不是java文件，那么我們不管是何種項目都是寫的java文件，怎么就不一樣了呢？分成java和web兩種了呢？
從.classpath文件入手來看，這個文件在每個項目目錄下都是存在的，很少有人打開看吧，那么我們就來一起看吧。這是一個XML文件，使用文本編輯器打開即可。
這里展示一個web項目的.classpath，當然高手一眼就可以看出其作用了
Xml代碼
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<classpath>
<classpathentry kind="src" path="src"/>
<classpathentry kind="src" path="resources"/>
<classpathentry kind="src" path="test"/>
<classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/servlet-api.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="webapp/WEB-INF/lib/struts2-core-2.1.8.1.jar"/>
……
<classpathentry kind="output" path="webapp/WEB-INF/classes"/>
</classpath>
XML文檔包含一個根元素，就是classpath，類路徑，那么這里面包含了什么信息呢？子元素是classpathentry，kind屬性區別了種類信息，src源碼，con你看看后面的path就知道是JRE容器的信息。lib是項目依賴的第三方類庫，output是src編譯后的位置。
既然是web項目，那么就是WEB-INF/classes目錄，可能用MyEclipse的同學會說他們那里是WebRoot或者是WebContext而不是webapp，有區別么？回答：完全沒有！
既然看到了編譯路徑的本來面目后，還區分什么java項目和web項目么？回答:不區分！普通的java 項目你這樣寫就行了：<classpathentry kind="output" path="bin"/>，看看Eclipse是不是這樣生成的？這個問題解決了吧。
再說說webapp目錄命名的問題，這個無所謂啊，web項目是要發布到服務器上的對吧，那么服務器讀取的是類文件和頁面文件吧，它不管源文件，它也無法去理解源文件。那么webapp目錄的命名有何關系呢？只要讓服務器找到不就行了。
希望對學習者有所幫助。當然IDE的選擇完全是個人偏好，只是明白了本質能有更好的選擇。