作為醫院信息化系統的一部分，檢驗軟件不可避免的要與第三方軟件發生數據交換。而作為兩套獨立的系統，其數據編碼必定是各自獨立的，數據交換必定要考慮此問題。解決此問題方法有二，
其一：雙方共用一套編碼系統，各自系統編碼以此為准，或者進行數據交換時，先轉換成公共編碼，在交換數據。
其二：雙方分別獨立編碼，在自己系統里建立一套與對方系統的編碼轉換機制。
在有一個雙方公用的編碼醫療系統編碼之下，當然方法一是首選，但是由於國內醫療信息化的復雜性，共用編碼還缺乏通用性，雖然國內對此有一系列的醫療相關的標准，但是目前實現的難度比較大，但可喜的是目前在嘗試的醫療區域化的過程用，已經部分的、區域化、局部化的實行。方法二目前看來是，實現難度小，可以由用戶自定義自由配置的，快速實現的編碼轉換的方法。
檢驗系統與第三方系統的數據交換主要是兩方面：樣本申請信息，樣本結果信息。
其中樣本申請信息由第三方系統提供，包括病人的基本信息（姓名，性別，年齡以及相關的ID號（門診號、住院號等）等），申請項目信息（申請項目名稱，編碼，樣本類型，采集時間，申請醫生，申請時間等），而樣本結果信息由檢驗系統提供，主要是樣本的檢驗結果（檢驗項目，檢驗結果，參考范圍，檢驗提示，審核時間，審核醫生）。
MLIS與第三方系統數據交換的步驟
第一步：配置數據庫連接。
用戶可以自由添加，第三方數據庫的連接，目前支持ORACLE 和SQL SERVER，配置好相關參數，可以點擊測試，查看是否連接成功。具體操作如下圖
第二步：配置與第三方系統的信息提取和結果發布
用戶通過第一步配置的數據庫連接，添加登記與發布接口，通過此界面，用戶可以查找第三方系統提供的表或者視圖，通過響應的字段對應，獲取申請信息和發布結果信息，如下圖。
第三步：編碼對照
系統提供年齡單位，病人性別，申請科室，申請醫生，組合項目，收費類別的編碼轉換服務。如下圖
