每一章標題后面插入一個“Next Section Break”，這樣定稿后各章文件組合為總文件后，方程編號會自動遞增，如果已經插入了默認的“Equation Chapter 1 Section 1”,選中它，用【Chapters & Sections->Modify Break...->Delete】刪除。包含MathType公式的文檔要在不顯示格式符號（顯示/隱藏格式符號的快捷鍵是Ctrl+Shift+8）的狀態下保存（否則MathType加上的“Section Break”打印時會顯示出來，很難看）。
一個牛人寫的，分享在這里。
http://blog.163.com/lee_chau/blog/static/888303520102393153812/