每一章标题后面插入一个“Next Section Break”，这样定稿后各章文件组合为总文件后，方程编号会自动递增，如果已经插入了默认的“Equation Chapter 1 Section 1”,选中它，用【Chapters & Sections->Modify Break...->Delete】删除。包含MathType公式的文档要在不显示格式符号（显示/隐藏格式符号的快捷键是Ctrl+Shift+8）的状态下保存（否则MathType加上的“Section Break”打印时会显示出来，很难看）。
一个牛人写的，分享在这里。
http://blog.163.com/lee_chau/blog/static/888303520102393153812/