注：該問題已解決，詳見終於解決“百年一遇”奇怪問題。
問題原因
經過昨天一天的奮戰，終於在吃晚飯前找到了"百年一遇"奇怪問題的原因。（問題詳情見前一篇博文：百年一遇的奇怪問題：當IE遇上.NET Framework 4.5）
問題原因是：當服務器安裝了 .NET Framework 4.5 之后，在IE中，如果 ASP.NET MVC 處理的 ajax 請求未執行完成時，連接被中斷（比如F5刷新瀏覽器），接下來的請求就會被卡住。
問題驗證
用 IE 訪問閃存（http://home.cnblogs.com/ing/），按 F12 打開開發者工具，等所有 ajax 請求執行完成再刷新瀏覽器，問題就不會出現。
我們在測試環境中，取消所有 ajax 請求，問題就不會出現。
問題分析
為什么 ajax 請求被中斷后會出現這個問題？
我的猜測是：ajax 請求被中斷后，服務器端 ASP.NET Runtime 處理該請求的線程繼續保留着（可能在刷新時， IE 繼續保持着連接），接下來的請求繼續由這個線程處理，於是卡住。所以，重啟 IE 問題會消失就是因為這時 IE 發起了新的連接，服務器端用新的線程進行處理，這同時也解釋了第一次請求總是不會出現問題。
下面針對前一篇博文中問題的五個奇怪之處逐一進行分析：
1、“問題奇怪之一：服務器是微軟的 ASP.NET 環境，出問題的不是其他瀏覽器，而是微軟自己的 IE 瀏覽器。”
猜測：在刷新時，IE 可能與其他瀏覽器的處理方式不一樣，IE 會繼續保持着同一個 HTTP 連接。服務器端 ASP.NET Runtime 對這個連接使用之前為之服務的一個線程處理（可能是 .NET Framework 4.5 的一個改變）。
2、“問題奇怪之二：IE 第一次請求不會出現問題，問題只出現在后續請求中。”
因為問題只會在 ajax 請求被中斷后的請求中出現。
3、“問題奇怪之三：同一台服務器，有多個站點，只有這一個站點會出現這個問題。同一個站點（home.cnblogs.com），只有主頁與閃存相關頁面會出現這個問題。”
出現問題的頁有個特征 —— ajax 請求特別多，問題可能與 ajax 請求的數量有關。
4、“問題奇怪之四：WebForms 與 MVC 都會出現這個問題。”
問題在服務器端 ASP.NET Runtime 處理該請求的線程，所以與是 WebForms 還是 MVC 無關。
5、“問題奇怪之五：在 Global.asax 中取消所有 MVC 的路由注冊（routes.MapRoute），問題就消失。”
由於 ajax 請求是由 MVC 處理的，取消 MVC 的路由注冊也就不存在 ajax 請求被中斷的情況。
繼續奮戰
進一步的原因以及解決方案還要繼續努力研究。。。
最新進展
將 ajax 請求的處理由 MVC 改為 Web Service(.asmx) 之后，問題不再出現。由此可見，與瀏覽器、與 js 一點關系沒有。