ArcGIS 10.1 for Server在安裝配置的過程中有兩處需要配置賬戶：一是為ArcGIS Server創建的操作系統賬戶（ArcGIS Server Account）；一是新建站點時創建的主站點管理員賬戶（the primary site administrator）。
操作系統賬戶主要用於管理ArcGIS Server進程，如啟動、停止ArcGIS Server服務，讀寫本地文件系統上的數據，進行機器之間的通訊。
主站點管理員賬戶主要用於管理站點中各種形式的GIS資源，如發布、啟動、停止、刪除各種類型的GIS服務，站點安全、集群管理、日志管理等。
兩種賬戶對於初學者來說比較容易混淆，有必要對兩種賬戶的區別和關聯進行介紹。概括地說，操作系統賬戶用於運行ArcGIS Server，而主站點管理員賬戶只有在ArcGIS Server運行后才能登陸管理界面進行后續操作，因此兩種賬戶是可以單獨設置的，只是需要保證操作系統賬戶對ArcGIS Server的安裝目錄等有讀寫的權限，這樣才能啟動ArcGIS Server服務。
操作系統賬戶（ArcGIS Server Account）
安裝好ArcGIS Server后，打開服務管理界面，我們發現ArcGIS Server服務的登錄賬戶就是前面配置的arcgisserver。
如果我們刪除這個賬戶（位於計算機->管理->系統工具->本地用戶和組->用戶），停止ArcGIS Server服務再重新啟動就不成功，會彈出如下對話框，這是因為ArcGIS Server的啟動賬戶不在了。
如果我們更改為其他的登錄賬戶，比如Administrator（在ArcGIS Server服務上右鍵，點擊屬性，在屬性對話框中的登錄選項卡中更改），那么就可以重新啟動ArcGIS Server服務。出於安全的考慮不應該隨便更改ArcGIS server的登錄賬戶：一是會對ArcGIS Server授權過多造成不安全或者過少造成ArcGIS Server運行出錯；一是如果是分布式部署，一個站點的多台機器的登錄賬戶會不一致。
如果不小心把ArcGIS Server賬戶刪除了，我們可以利用ArcGIS 10.1 for Server提供的Configure ArcGIS Server Account工具新建一個賬戶，也可以利用這個工具修改已有賬戶的密碼。如果利用該工具建立了多個ArcGIS Server賬戶，可以利用不同的賬戶啟動ArcGIS Server服務。這里同樣需要注意分布式部署問題。
盡量不要用操作系統的工具創建用戶，建議統一使用Configure ArcGIS Server Account工具。利用這個工具可以保證在不同的機器上對安裝目錄下的多個文件夾進行授權（如bin, framework, Geronimo, usr, 和 xmlschema）。利用該工具配置ArcGIS Server賬號完成時會列出相應的授權。
主站點管理員賬戶（the primary site administrator）
新建站點后，在瀏覽器中輸入http://localhost:6080/arcgis/manager，輸入主站點管理員賬戶和密碼就進入ArcGIS Server Manager。
站點選項中可以管理目錄、配置存儲、管理集群，注冊數據庫和文件夾等。
安全性選項中，則可以修改主站點管理員賬戶的密碼，並添加、刪除、編輯用戶和角色。
小結
對於操作系統賬戶和主站點管理員賬戶的區分關鍵在於其功能的定位，前者主要用來管理ArcGIS Server本身，如啟動、停止ArcGIS Server服務；后者主要用於管理ArcGIS Server的內容，如發布各種GIS服務。對於操作系統賬戶的授權問題也應該多加注意。
對於可能出現的多個ArcGIS server賬戶、多個站點賬戶、分布式系統架構、集群管理、數據庫賬戶，文件和數據庫讀寫授權等賬戶管理問題有待進一步深入研究。