MySQL的歷史最早可以追溯到1979年，那時Oracle也才小打小鬧，微軟的SQL Server影子都沒有。Monty Widenius在其合伙的TcX小公司工作時，用BASIC設計了一個報表工具，可以在4M主頻和16KB內在的計算機上運行。隨着時間的推移，這個小工具被用C重寫並遷移到Unix上運行。當時，它只是一個很底層的面向報表的存儲引擎，再配上一個報表前端。它就是大家知道的Unireg。
1990年，該公司的客戶急切要求訪問其數據的SQL接口，TcX提出其中一方案是把數據都加載進一個商用數據庫。但Monty對這個方案的執行速度並不滿意。他嘗試將mSQL的代碼用做SQL層，並用自己的低層級的存儲引擎集成進來，但效果也不好。於是, Monty決心自己重寫一個SQL。
1996年，MySQL 1.0發布,只面向一小撥人。同年10月，MySQL 3.11.1發布，只提供了Solaris下的二進制版本。一個月后，Linux二進制包也發布。 此時的MySQL還非常簡陋，除了在一個表上做一些Insert，Update，Delete和Select 操作，沒有其他更多的功能。
接下來的兩年里，MySQL依次移植到各個平台下。它發布時，采用的許可策略，有些與眾不同：允許免費商用，但是不能將MySQL與自己的產品綁定在一起發布。如果想一起發布，就必須使用特殊許可，意味着要花銀子。
MySQL3.22應該是一個標志性的版本，提供了基本的SQL支持。還帶有一個復雜的優化器，新版本速度很快，且非常穩定。盡管如此，它還是不支持事務、子查詢、外鍵、存儲過程和視圖，只存在表級別的鎖。
1999-2000，一個名叫MySQL AB的獨立公司成立了（Monty Widenius也作為創始人之一），它聘請了幾位開發者並與Sleepycat公司建立合作伙伴關系，提供訪問Berkeley DB數據文件的SQL接口。自從Berkeley DB具備事務功能之后，它就賦於了MySQL支持事務的特質，補上了它的短板。在為集成的Berkeley DB做了一些修改之后，MySQL 3.23發布了。
2000 年，MySQL 公布了自己的源代碼，並采用GPL（GNU General Public License）許可協議，正式進入開源世界。
2000年4月，有了Slashdot的支持與贊助，master/slave機制加入。不支持事務的老存儲引擎ISAM被重寫了，並以MyISAM的形式發布。經過大量的改良，當前版本也支持了全文搜索。MySQL AB還曾有一個跟NuShpere短期的合作，在MySQL中加入了一個支持行級鎖和事務的引擎Gemini，但因法律問題於2001年結束了。也就在這時，Heikki Tuuri提議用自己的引擎集成到其中，並接手MySQL AB的工作，這個引擎就是同樣支持行級鎖和事務的InnoDB。
2003年3月，MySQL 4.0正式發布。新增特性：除了MySQL/InnoDB組合，還有查詢緩存(Query Cache)，優化器的改良，客戶端/服務器間的協議用SSL加密。
2004年10月MySQL 4.1發布，2005年10月發布里程碑的一個版本 5.0。4.1版本新增子查詢，空間索引支持也加到了MyISAM引擎中。Unicode支持也被實現了。客戶端/服務器協議也有了大量的改動，而且支持預處理語句（prepared statement）。5.0版本加入了存儲過程，服務器端游標，觸發器，視圖，分布式事務（Xa transactions），查詢優化器的顯著改進以及其它的一些特性。MySQL的開發者發現如果要讓4.1 穩定下就要花很大的工夫，如果他們要把4.1的新特性都加進去，就必須先搞定存儲過程，所以他們痛下決心另創了一個分枝來開發5.0。經一度因這個造成了一些混亂——兩個分枝同時處在alpha 階段，后來4.1穩定了，這個尷尬也就隨之而解了。
在5.0 之后的版本里，MySQL明確地表現出邁向高性能數據庫的發展步伐。5.1版本緊隨其后，其中加了好多的新的改進，如表分區（table data partitioning），基於行的復制（row-based replication）,事件調度器（event schedular），和讓新存儲引擎和其它插件輕松集成的標准化插件API。
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2008年1月16號 Sun公司收購MySQL。
2009年4月20，Oracle收購Sun公司。
2010年04月22 發布MySQL 5.5, MySQLcluster 7.1。
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