借助於第三方提供的驅動程序，WinCE6.0也能支持NTFS文件系統，可以訪問超大容量的移動硬盤，並播放存儲於其中的1080P的視頻文件。
需要注意的是WinCE下NTFS中文件及目錄名區分大小寫，即在同一目錄下，能同時創建多個文件名大小寫不同的同名文件，如下圖所示。 
關於NTFS中文件名區分大小寫的說明，請參考http://support.microsoft.com/kb/100625/en-us
實際上，對於WinCE系統來說，如果要支持超大容量外部存儲設備，尤其是SD卡、U盤等Flash存儲器，推薦使用exFAT文件系統。exFAT文件系統的介紹，請參考http://zh.wikipedia.org/zh-cn/ExFAT