技术背景 分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用，这得益于分子动力学模拟本身的直观表述，用宏观的牛顿力学，结合部分微观的量子力学效应，就能够得到很好的符合统计力学推断的结果。可以说，分子动力学模拟从理论上跨越了物理化学生物等多个学科，而从实践上又包含了计算机科学、人工智能的大量辅助 ...

技术背景 在分子动力学模拟的过程中，考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的。而牛顿第二定律告诉我们，粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系，但是在模拟的过程中，有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的，比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量。这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后 ...

技术背景 周期性边界是分子动力学模拟中常用的一种技术手段，不仅可以完整的概述完整的分子体系的特性，在一部分场景下还可以提升计算的效率，从作用上来看更像是一类的近似模型（假设有一个原子逃出这个周期性边界封装的盒子，一定会有另一个相同原子从相对的边界走进这个盒子）。 不加周期性边界的场景 ...

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用、功能也非常强大的一款软件。 VMD的安装 首先访问VMD ...

Molecular Dynamics 定义 简单讲分子动力学（Molecular Dynamics，MD）是在经典力学框架下，给定初始位置和速度，对分子体系时间演化（动力学）的模拟，本质上就是在计算机里进行一个well-controlled实验。 DL_POLY 分子动力学模拟软件 ...

Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。 在开始之前，先简单了解一下预平衡： 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有一个蛋白质，我们想将它放入一种溶液中（可能是水，也可能不 ...

各有关单位: 分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系 ...

1.系统的准备： 假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件：除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水 ...