DL_POLY 分子动力学模拟软件


Molecular Dynamics 定义

简单讲分子动力学(Molecular Dynamics,MD)是在经典力学框架下,给定初始位置和速度,对分子体系时间演化(动力学)的模拟,本质上就是在计算机里进行一个well-controlled实验。

DL_POLY  分子动力学模拟软件

 

DL_POLY Classic 是由 W. Smith、TR Forester 和 IT Todorov 在 Daresbury 实验室开发的通用分子动力学模拟包。它基于 DL_POLY_2 包,该包最初由EPSRC赞助下 Daresbury 实验室的前计算化学小组为 EPSRC 的凝聚相计算机模拟协作计算项目 ( CCP5 ) 开发。

 

DL_POLY Classic 可以作为串行或并行应用程序执行。该代码使用复制数据策略实现并行化,该策略适用于同构、分布式内存、并行计算机。该代码可用于模拟多达 30,000 个原子,并在多达 100 个处理器上具有良好的并行性能,但在某些情况下它可能会超过或无法达到这些限制。

下载地址

https://gitlab.com/DL_POLY_Classic/dl_poly/-/archive/RELEASE-1-10/dl_poly-RELEASE-1-10.tar.gz

 

在软件目录下有一个build文件夹,里面有makefile.根据自己的计算机cpu类型将相应的makefile挎贝到source目录中,并将文件名改为Makefile,然后就可以直接make dlpoly
• MakePAR - to build a parallel MPI version on a unix platform;  并行计算用这个Makefile
• MakeSEQ - to build a sequential (one processor) unix version;
• MakeWIN - to build a Windows (one processor, XP) version.

 

 


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