单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录 ...
实验室马上要开始做heart的单细胞空间转录组,需要提前了解一下基本的data。 废话不多说,先把示例数据和教程跑一遍,找找感觉。 参考:Seurat . 系列教程 :空间转录组的分析 可视化与整合 样本制备 获取高质量数据的前提 参考: Visium Spatial Gene Expression x Genomics NC 单细胞空间转录组学联合揭示鸡胚心脏发育过程 可以直接借鉴 单细胞文章 ...
2021-12-16 19:02 0 138 推荐指数:
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录 ...
本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...
From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 单细胞测序主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面,分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因组测序目前主要有两种扩增 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
摘要 单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)强调了细胞间 ...
R bioconductor中的scRNAseq数据包是专门提供scRNA-seq数据的包。 1.Introduction scRNA-seq包提供了一个方便的途径来获得公开的数据集,这些数据集是以SingleCellExperiment 格式存储的。 查看表达数据矩阵: 2. ...
本次分享一篇今年2月才发表于Nature Methods的基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法比较的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...
本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码R ...