原文:单细胞测序 UMI 10X Barcode

为了减少由于扩增引起的误差,人们在一些单细胞测序的步骤中增加了 UMI unique molecular identifiers ,UMIs 是由 个随机核苷酸组成的序列,在 mRNA 反转录后,进入到文库中,每一个 mRNA,随机连上一个 UMI,因此可以计数不同的 UMI,最终计数 mRNA 的数量。 X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞,UMI 来标记转录本,这样与参考 ...

2021-06-26 08:53 0 2623 推荐指数:

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单细胞测序 10x genomics

单细胞转录组 从研究方向看上,发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向,这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外,作为一个新兴的领域,10X 单细胞转录组检测到细胞多,数据庞大,信息复杂,对数据分析带来诸多困难,因此算法类的文章(Computational method ...

Thu Jul 01 01:14:00 CST 2021 0 223
10X单细胞测序细胞分类

介绍 文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序,研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。不过文章选用的是已知固有SNP进行分类,基因表达分类用于和SNP分类进行比较。 代码讲解 读入QC后的seurat obj,过滤代码见之前的博客http ...

Thu Feb 04 19:34:00 CST 2021 0 359
单细胞 RNA-seq 10X Genomics

单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
单细胞测序学习(一)

一、单细胞测序简介   单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。   我们经常看到的scRNA-seq ...

Thu Oct 29 17:13:00 CST 2020 0 658
单细胞测序学习(二)

三、单细胞测序原理   今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台,所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。  (1)10X Genomics单细胞测序原理         上图是10X单细胞测序的原理图。首先要 ...

Thu Oct 29 17:19:00 CST 2020 0 1281
单细胞测序的知识

单细胞测序的知识 刘小泽 已关注 2018.07.20 21:33* 字数 1885 阅读 675评论 0喜欢 7 刘小泽写于18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...

Sat Oct 20 04:02:00 CST 2018 0 1917
单细胞测序技术 概述

单细胞测序技术是指在单个细胞水平上对转录组或基因组进行扩增并测序,以检测单细胞在基因组(结构变异-Structural Variations-SVs;拷贝数变异-Copy number variants-CNVs;单核苷酸变异-Single nucleotide variants-SNVs ...

Sun Jun 27 18:29:00 CST 2021 0 565
单细胞测序技术

在有些情况下,细胞是很难完整分离的,比如长期保存的组织,或者大脑细胞和脂肪细胞。在分离细胞时所用的酶和破坏力往往会影响其他细胞区室的内容。此时,单核RNA测序就显得特别重要。 细胞核转录组是否代表了整个细胞的转录组,以及在snRNA-seq中发现的基因是否或多或少与特定研究相关。一些比较单细胞 ...

Wed Jun 30 20:47:00 CST 2021 0 277
 
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