基因组注释
基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...
原文：【基因组注释】同源注释比对软件tblastn、gamp和exonerate比较
基因结构预测中同源注释策略，将mRNA cDNA 蛋白 EST等序列比对到组装的基因组中，在文章中通常使用以下比对软件： tblastn gamp exonerate blat 根据我的实测，以上软件整体都比较慢。gmap可设置多线程来提升速度。tblastn虽然也可以，但对提速没什么影响。exonerate和gamp巨吃内存。 以下是跑的资源情况。我的组装基因组约 Mb。tblastn的查询序列 ...
2021-04-16 12:11 0 576 推荐指数：
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