原文:利用Cytoscape对STITCH基因相互作用结果按Degree进行可视化--生信之中药研究

. 将本研究所用到的目的基因输入至STITCH网站 http: stitch.embl.de 进行基因间的相互作用预测。 . 点击SEARCH和CONTINUE进行基因的相互作用预测,结果如下图。 . 在文章发表时我们一般会进行其他可视化,按照基因与基因之间的连接程度大小进行nodes的颜色和大小进行可视化,因此,接下来我们需要保存STITCH结果的相互作用的TSV文件。 .将TSV文件导入提前 ...

2021-04-14 11:55 0 497 推荐指数:

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相互作用场论2

第章 1.1节 相互作用绘景 1.可以参考金老师 ...

Sun Jan 10 05:48:00 CST 2021 0 373
利用Open3D进行点云可视化

https://zhuanlan.zhihu.com/p/57215172 很多时候在python里面你要找一个3D点云可视化的库真的是难啊。你的选择可能是: pcl mayavi matplolib 但是以上都不好用,pcl甚至没有靠谱的python wrapper ...

Fri Oct 23 20:49:00 CST 2020 1 6036
利用R语言进行交互数据可视化(转)

上周在中国R语言大会北京会场上,给大家分享了如何利用R语言交互数据可视化。现场同学对这块内容颇有兴趣,故今天把一些常用的交互可视化的R包搬出来与大家分享。 rCharts包 说起R语言的交互包,第一个想到的应该就是rCharts包。该包直接在R中生成基于D3的Web界面。 rCharts包 ...

Wed Jun 08 01:46:00 CST 2016 2 6230
利用Kemeans进行聚类及TSNE降维可视化

一、kmeans聚类 二、TNSE TSNE提供了一种有效的降维方式,可以对高于2维数据的聚类结果以二维的方式展示出来。 ...

Sat Apr 03 16:53:00 CST 2021 2 624
利用matplotlib进行数据可视化

安装,而pyplot则是matplotlib的内部模块。两者的导入方法有所不同,可选择其中一种进行导入 ...

Tue Mar 03 18:28:00 CST 2020 0 909
-使用NCBI进行目的基因的引物设计

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查。本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过进行引物设计的学生、从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因 ...

Mon Nov 25 04:11:00 CST 2019 0 336
知识图谱项目前端可视化图论库——Cytoscape.js简介

前言 知识图谱项目是一个强视觉交互性的关系图可视化分析系统,很多模块都会涉及到对节点和关系的增删改查操作,常规的列表展示类数据通过表格展示,表单新增或编辑,而图谱类项目通常需要关系图(力导向图:又叫力学图、力导向布局图,是绘图的一种算法,关系图一般采用这种布局方式)去展示,节点和关系的新增编辑 ...

Sat Dec 21 02:59:00 CST 2019 0 9451
 
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