【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant
目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt ...
原文：【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD
目录 .简介 .安装与配置 .分析流程 .结果 .简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在 年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界 因为大部分科研人员只会鼠标点点框 。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器，因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的 ...
2020-08-28 21:33 0 1961 推荐指数：
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【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus
目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析 ...
NCB | 定量蛋白质组学揭示细胞外泌体通用标志物Syntenin-1
外泌体 (exosomes) 是由哺乳动物细胞通过“内吞-融合-外排”等机制，主动向胞外释放的纳米级 (直径40~60 nm) 双层囊泡小体，携带蛋白质、核酸、脂质等多种生物活性分子。越来越多的证据表明，外泌体是细胞间交流的重要媒介，它们可以将功能性分子转移到受体细胞中，或参与受体细胞膜受体介导 ...
蛋白质组学实验设计、质控与分析
1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程 说明 1.材料收集 细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术 蛋白组：iTRAQ/TMT ...
蛋白质组学数据的缺失值填充
缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源：完全随机缺失（MCAR，如质谱仪抖动，对数据影响无偏好性，均一分布），随机缺失（MAR，依赖于其他观测变量，如时间梯度越长采集越可能出现缺失值），非随机缺失 ...
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当前，关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热，网上关于这方面的知识也寥寥无几，从事这一行也有一段时间了，但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训，所以是时候把知识点总结一下，权当复习。当然整个蛋白质组学研究也算纷繁复杂，不可能面面俱到，而且很多东西我也在学习当中，肯定会出现不少纰漏 ...
质谱和蛋白质组学领域简述
从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了，回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面，温故知新。 简要概述 蛋白质组学（Proteomics）是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物学中的重要组成部分，处于中心法则下游，相比于基因组和转录组学而言，发展比较缓慢 ...
蛋白质组学数据分析笔记汇总
前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想 ...