动物基因组大小(需翻墙) 植物已测序的基因组大小 真菌基因组大小 原核生物基因组大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源种 ...
在测序一个新物种时,首先需要对该物种的基因组结构有所了解,包括以下几个内容: 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大,杂合度也大,重复片段越大,该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析,对以上几个指标进行简单评估,核心就是通过kme 分布来进行评估。 对于不同的基因组杂合度,kmer分布如下 当杂合度为 . 时,只有一个峰 当杂合度为 . 和 . 时,都有 ...
2020-04-07 10:20 0 4235 推荐指数:
动物基因组大小(需翻墙) 植物已测序的基因组大小 真菌基因组大小 原核生物基因组大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源种 ...
做完基因组组装后,通常要评估基因组的质量,目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage,BUSCO,LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法,通常可以排除转录组数据是否存在问题,也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...
参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...
植物vs动物总结版: 简述高等植物基因组(可以以拟南芥和水稻基因组为例)与高等动物基因组(可以以人类、果蝇等基因组为例)在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组在基因结构上的基本差异主要是生命组学的第一困境,即复制-转录负载困境。 机制: 1.从平衡流 ...
NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装。组装后, ...
转座元件是一类能改变其自身在基因组当中的位置的DNA重复序列,它能够使得突变产生,也能“逆转”已有突变,它能改变生物细胞的遗传属性和基因组稳定性。1951年,美国冷泉港著名女性细胞遗传学家Barbara McClintock发表文章“Induction of Instability ...
1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子:纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因组数据; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀,里面是 fasta格式 ...