本节课程,需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...
对样品OUT抽平是为了让各样品的序列数保持一致,便于在同一标准上对各样品进行Alpha多样性分析等,保证有可比性。 Diversity parameters were estimated from OTU and functional gene matrices thatwere rarefied to an equal number per sample to reduce the effect ...
2019-12-24 09:15 0 1111 推荐指数:
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这是6,7年前做的一个excel vba自动计算附合导线平差的表格。 对于做测绘的朋友来说,附合导线平差是最基础的技能,目前来说,能平差的软件和工具也很多,像南方的平差易,科傻平差、清华三维平差等,但这些软件操作较复杂,且界面不友好,于是很多人用excel强大的公式函数功能,做了很多自动计算 ...
本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一 ...
--学生表tblStudent(编号StuId、姓名Stuname、年龄Stuage、性别Stusex)--课程表tblCourse(课程编号CourseId、课程名称CourseName、教师编号TeaId)--成绩表tblScore(学生编号StuId、课程编号CourseId、成绩Score ...
qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference ...
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微生物16S的OTU聚类工具有很多,最常用的就是 usearch、cdhit-OTU、mothur。 这些工具大多都是针对二代测序平台的,usearch的64bit版本是收费的。 如果要跑PacBio的OTU聚类,目前就只能用 mothur 了。 mothur有着非常详细的说明文 ...