参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下 ...
表观遗传 表观遗传的 个机制:DNA甲基化 组蛋白修饰 chromatin remodeling 开放染色质测序: 参考:https: zhuanlan.zhihu.com p 研究目的:研究细胞的转录调控。 细胞的大部分时间处于细胞分裂的间期 即:非分裂时期 ,所以细胞内的遗传物质不叫染色体,而是染色质。 染色质又分为:常染色质 DNA展开的部分 和异染色质 DNA盘绕在核小体上的部分 。 开放 ...
2019-06-20 15:50 0 2376 推荐指数:
参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下 ...
functional genomics | epigenomic annotations 刚入行的总是一头雾水,对这些表观的标记一点兴趣都没有,种类繁多,总是记不住,这里我就做一个常识性的总结,不搞太多术语。 需要了解的也不多,常见的就那么几个,搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。细节 ...
,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
: 1. RNA-seq分析差异基因,间接推测调控的转录因子。 2. 基于大量的ChIP-seq公共数 ...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性 ...
需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 ...
http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013 | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时 ...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...