原文:转录组组装软件stringtie

StringTie是約翰 霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件。 软件的下载 StringTie 使用说明:新版本更新之后去掉了一些参数 选项: version : 输出软件的版本信息 G 参考序列的基因注释文件 GTF GFF l 输出转录本的名称前缀 defa ...

2019-06-18 17:23 0 501 推荐指数:

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转录组装软件StringTie的使用说明

转录组装软件StringTie的使用说明 StringTie 转录组装软件StringTie的使用说明 转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol ...

Sat Nov 10 05:38:00 CST 2018 0 3753
【基因组组装评估】转录组比对率

做完基因组组装后,通常要评估基因组的质量,目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage,BUSCO,LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法,通常可以排除转录组数据是否存在问题,也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...

Fri Oct 29 22:27:00 CST 2021 0 873
基因组组装算法

因组序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
基因组组装流程

1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC ...

Sun Jun 12 23:05:00 CST 2016 0 16098
【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师特意开发 ...

Mon Mar 29 07:18:00 CST 2021 0 1036
转录组的组装Stingtie和Cufflinks

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量。前者于2016年 ...

Sat Nov 10 05:13:00 CST 2018 0 1137
PacBio长reads的大基因组组装

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...

Sun Jun 12 21:17:00 CST 2016 0 4778
 
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