我已经通过Gemma得到了关联分析的结果，如下。 prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE，这不是我们想要的。 那么，如何计算这些位点的表型解释率？ 据了解，有些关联分析软件是可以同时得到这个信息的，比如Tassel。 参考：Whole-genome ...

出处：bilibili 关联分析（Association）：在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...

全基因组关联分析 (GWAS) - 简介 在硕士就读期间，就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少， windows 系统分析就足够了，作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来，随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入 linux 和 脚本操作的时代 ...

前段时间有位小可爱问我，为什么她的QQ图特别飘，如果你不理解怎样算飘，请看下图： 理想的QQ图应该是这样的： 我当时的第一反应是：1）群体分层造成的；2）表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况，如果没有问题就看一下表型分布。 这段时间有空了，我觉得有必要梳理一下这个飘逸 ...

前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒，不愿意动笔，但想着既然答应了，不写说不过去。 我写 ...

CTRL_LISTVIEW 风格选项 LVS_TREEVIEW 以树型的方式来显示列表项 LVS_UPNOTIFY 指定鼠标点击操作的响应方式，默认情况下，如果没有指定 LVS_UPNOTIFY 风 格，列表型控件将在鼠标按下时发出通知消息；如果指定了该风格 ...

为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说，如果数据存在群体分层，却不加以控制，那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时，常规手段就是将分层的 ...

全基因组关联分析流程： 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列，内容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...