原文:转录组的组装Stingtie和Cufflinks

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted:十月 , Under:TranscriptomicsBy Kaino Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量。前者于 年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了。在算法上来说Stri ...

2018-11-09 21:13 0 1137 推荐指数:

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三代全长转录测序和组装

这些三代全长转录测序的相关问题,可以帮到爱学习的我哦 1.什么是三代全长转录测序 三代全长转录测序,即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术,实现了无需拼接的转录本分析,克服了传统二代转录 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
【基因组组装评估】转录比对率

做完基因组组装后,通常要评估基因的质量,目前可以采用二三代数据比对回基因看比对率和coverage,BUSCO,LAI等。转录数据比对率也是我们常用的方法,通常可以排除转录数据是否存在问题,也方便在后续注释中排除转录数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...

Fri Oct 29 22:27:00 CST 2021 0 873
转录组装软件stringtie

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因转录主流的组装软件。 软件的下载 StringTie 使用说明:新版本更新之后去掉了一些参数 ...

Wed Jun 19 01:23:00 CST 2019 0 501
转录入门(5):序列比对

任务列表 比对软件 hisat2的用法 下载index文件 比对、排序、索引 质量控制 载入IGV,截图几个基因 hisat2的用法 本作业是比对到基因,所以使用gapped or splices mapper,此流程已经更新 ...

Thu Aug 17 06:18:00 CST 2017 0 1159
空间转录测序 概述

空间转录测序 概述 在多细胞生物中,单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生,即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转录测序和单细胞转录测序 ...

Mon Jun 28 04:36:00 CST 2021 0 828
转录入门】5:序列比对

好,载入IGV,再截图几个基因看看! 顺便对bam文件进行简单QC,参考直播我的基因系列。 ...

Sun Jul 01 06:26:00 CST 2018 0 3739
三代全长转录

“三代转录”是什么?对于混迹在科研领域的一员,如果现在还不了解全长转录测序,恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢! 今天小编总结了一些三代全长转录测序的相关问题,给大家来一个详细全面的解释,希望可以帮到爱学习的您哦! 1.什么是三代全长转录测序 三代全长转录测序,即利用 ...

Thu Jul 09 01:13:00 CST 2020 0 666
转录入门】6:reads计数

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:生信编程直播第 ...

Wed Jul 04 05:05:00 CST 2018 0 1609
 
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