原文:链特异性转录组测序

链特异性转录组测序 非链特异性转录组测序信息不包含链方向的特征信息,对正义和反义转录本无法准确判断,导致无法反映真实的转录情况。而链特异性转录组测序 strand specific RNA seq 可以解决这个问题。链特异性建库的方式是在合成cDNA的第二条链时,用dUTP替换dTTP。待链合成后,再用USER酶降解cDNA的第二条链并再次进行PCR扩增,完成文库的制备。运用这种方法,可以在测序 ...

2018-10-19 11:05 0 1741 推荐指数:

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特异性建库的理解

刚接触高通量测序的时候就知道有特异性建库这么个概念,当时 ...

Thu Oct 18 18:50:00 CST 2018 0 1265
(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库:GVATdb

众所周知,全基因关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
联合使用PrediXcan、MetaXcan基于GWAS结果预测靶基因及特异性组织的表达(又名全转录组分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan ...

Sat Jun 20 05:26:00 CST 2020 4 1376
空间转录测序 概述

空间转录测序 概述 在多细胞生物中,单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生,即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转录测序和单细胞转录测序 ...

Mon Jun 28 04:36:00 CST 2021 0 828
 
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