SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)
之间介绍过annovar进行对snp注释，今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
原文：snpEff 对snp进行功能注释
主页使用说明http: snpeff.sourceforge.net SnpEff manual.html。 下载解压即可使用 java 。 一 建库 已有 个基因组的库，直接下载。 查看已有库： java jar snpEff.jar databases 下载库： java jar snpEff.jar download v GRCh . 自己建库 . Configure a new genom ...
2018-03-19 15:43 0 1656 推荐指数：
相关推荐
SNP功能注释网站合集
这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、GWAS4D, 推荐指数：**** 网址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants ...
annovar 注释除人类以外的SNP
1. 准备文件： ref.fa ref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGen ...
SNPEFF提取vcf指定的染色体和位置（position）, SNP位点
cat snpeff.vcf | java -jar SnpSift.jar filter " ( POS >= 122 ) & ( POS <= 124 ) & ( CHROM = 'chr1' ) " > spe_snpeff.vcf 提取一号染色体 ...
批处理！功能富集分析、基因ID转换、查找同源基因、SNP注释一站式服务
看文献的时候，发现了g:Profiler这个宝藏工具，测试了一下，使用起来超级方便、好用，一定要分享给大家~ g:Profiler网址： https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具体讲一下该网站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括：Gene ...
snpEFF注释的vcf文件转化成maf文件
利用一个perl语言写的工具：snpeffTomaf 一行代码即可实现非常方便 github地址链接：https://github.com/tsy19900929/snpeffToMaf 将此仓库中的脚本和示例文件下载下来，参照readme文件，进行操作就可以 ...
FINEMAP：使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位（Fine-mapping）
还需要对结果进行 fine-mapping（精细定位），把 causal SNP找到。 如果想了解更 ...