原文:Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

RNA seq数据的比对结果怎么解读 网上有很多人问,这里做一个大致的总结。 Hisat 和bowtie 比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment summary When HISAT finishes running, it prints messages summarizing what happened. These messages are ...

2018-03-10 17:34 0 6401 推荐指数:

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HISAT2 下载和使用

HISAT2官网https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ HISAT2 下载 https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/ Binaries Version: HISAT2 2.2.1 ...

Fri Jun 11 05:34:00 CST 2021 0 1641
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网:https ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools ...

Sat Nov 10 05:46:00 CST 2018 0 1422
bowtie2 Linux安装

目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示,bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码,需要用 ...

Fri Jun 16 17:40:00 CST 2017 0 3996
Bowtie2的安装与使用

Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie比对比较短的reads(less ...

Sat Nov 10 06:19:00 CST 2018 0 4865
bowtiebowtie2使用条件区别及用法

转载自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序 ...

Wed Jun 10 18:16:00 CST 2020 0 783
 
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