原文:antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

年 月 日,核酸研究 Nucleic Acids Research 杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 . 版,前 版年均引用 次,累计引物 可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。 临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和描述基于宏基因组的天然产物途 ...

2017-08-01 21:46 0 1296 推荐指数:

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微生物代谢关联分析

://github.com/chentianlu 另外,想要代谢入门的同学可读读她写的代谢数据分析综述 ...

Sat Dec 12 02:49:00 CST 2020 0 554
基因组数据库

植物基因组数据库:1、NCBI中的genome,直接下载NCBI上的基因组文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因组数据库(包含约30个左右的植物,具体查看:) 30个左右植物基因组对应列表 下载 http ...

Sun Jun 07 05:11:00 CST 2020 0 1657
代谢学】2.代谢物鉴定

代谢物的鉴定流程 蛋白基因组和转录落后一档次,代谢学比蛋白又落后一档次,仅化合的鉴定就让人头疼。 流程如下: 化合精确质量数 数据库检索 一级鉴定(筛选分子量相同的离子)。解决质量数问题。 一级鉴定(通过同位素分布比对,筛选分子量和元素组成相同的离子)。解决 ...

Mon Dec 30 06:34:00 CST 2019 0 3067
代谢学】2.代谢物鉴定

目录 代谢物的鉴定流程 从谱图到峰表 代谢物的鉴定流程 蛋白基因组和转录落后一档次,代谢学比蛋白又落后一档次,仅化合的鉴定就让人头疼。 流程如下: 化合精确质量数 数据库检索 一级鉴定(筛选分子量相同的离子 ...

Wed Dec 30 19:48:00 CST 2020 0 625
人类基因组在三大基因数据库中的不同版本

数据分析中,经常需要下载物种的参考基因组序列,这时有很多数据库可以选择,比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库,或者该物种特有的数据库, 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种,编号不统一,在这里整理一下它们之间 ...

Mon Feb 15 01:49:00 CST 2016 0 5823
HGNC 数据库-人类基因组数据库

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
微生物+计算细胞倍增时间

TOP ## 1 简介 虽然做生长曲线和求代际时间貌似是个很简单常规的东西,可是到我一直不大确定自己求的对不对... 这次下定决心不再乱做... 不看解释,跳到[作图](#tag) ## 2 定义 ### 微生物 * 细菌,真菌 培养和测定 细菌:液体培养,不同的时间测定OD600 ...

Wed Sep 06 22:40:00 CST 2017 0 2280
微生物-细菌-葡萄球菌

细菌-葡萄球菌 葡萄球菌葡萄球菌是一群革兰氏阳性球菌,因常堆聚成葡萄串状,故名。多数为非致病菌,少数可导致疾病。葡萄球菌是最常见的化脓性球菌,是医院交叉感染的重要来源,菌体直径约0.8μm,小球形, ...

Tue Mar 01 16:59:00 CST 2022 0 658
 
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