基因组数据库

植物基因组数据库：
1、NCBI中的genome，直接下载NCBI上的基因组文件

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/

 

 

2、植物基因组数据库（包含约30个左右的植物，具体查看:）

30个左右植物基因组对应列表 下载

http://www.plantgdb.org/prj/GenomeBrowser/

 

 

3、 包含多个物种的基因组数据（如：柑橘、黄瓜、桉树、海棠等约100个左右）

100个左右植物基因组对应列表 下载

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#

 

 

4、Ensembl数据库（植物）

70个左右植物基因组对应列表 下载

http://plants.ensembl.org/species.html

 

 

5、拟南芥数据库

https://www.arabidopsis.org/index.jsp

 

 

6、另外一个综合性的（包含番茄，马铃薯，烟草、茄子等）

https://solgenomics.net/

 

 

7、水稻

http://rice.plantbiology.msu.edu/

 

 

8、马铃薯基因组数据库（较为全面）

http://solanaceae.plantbiology.msu.edu/index.shtml

 

 

 

9、百脉根

http://www.kazusa.or.jp/lotus/

 

 

10、豆科植物

https://legumeinfo.org/home

 

 

11、葡萄基因组

http://genomes.cribi.unipd.it/grape/

12、小麦

http://wheat-urgi.versailles.inra.fr/

https://triticeaetoolbox.org/wheat/

 

 

13、最全面的杨树整合数据（目前我看到的）

http://popgenie.org/

 

 

14、棉花

http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/about.html

https://www.cottongen.org/

 

 

15、茶

http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/

 

 

16、苜蓿

http://www.medicagohapmap.org/home/view

 

 

17、蔷薇科

https://www.rosaceae.org/

 

 

18、荞麦

http://buckwheat.kazusa.or.jp/index.html

 

 

19、各种柑类

https://www.citrusgenomedb.org/

 

 

20、萝卜

 

 

21、茄子

http://eggplant.kazusa.or.jp/

 

 

22、各种瓜类（西瓜，甜瓜、南瓜等）

http://cucurbitgenomics.org/

 

 

23、梨

http://peargenome.njau.edu.cn/

 

 

24、被子植物基因组数据库

http://www.angiosperms.org/

 

 

25、菠萝

http://pineapple.angiosperms.org/pineapple/html/index.html

 

 

26、甘草

http://ngs-data-archive.psc.riken.jp/Gur-genome/index.pl

 

 

27、板栗

https://www.hardwoodgenomics.org/Genome-assembly/1962958

28、花生

http://peanutgr.fafu.edu.cn/Download.php

 

 

29、毛竹

http://server.ncgr.ac.cn/bamboo/index.php

 

 

30、薄荷

http://mints.plantbiology.msu.edu/