在数据分析中,经常需要下载物种的参考基因组序列,这时有很多数据库可以选择,比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库,或者该物种特有的数据库, 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种,编号不统一,在这里整理一下它们之间 ...
植物基因组数据库: NCBI中的genome,直接下载NCBI上的基因组文件 ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov genomes 植物基因组数据库 包含约 个左右的植物,具体查看: 个左右植物基因组对应列表 下载 http: www.plantgdb.org prj GenomeBrowser 包含多个物种的基因组数据 如:柑橘 黄瓜 桉树 海棠等约 个左右 个左右植物基因组对应列 ...
2020-06-06 21:11 0 1657 推荐指数:
在数据分析中,经常需要下载物种的参考基因组序列,这时有很多数据库可以选择,比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库,或者该物种特有的数据库, 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种,编号不统一,在这里整理一下它们之间 ...
HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http ...
/DataSlicer 假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据,“6”表示 ...
2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+;可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测 ...
首先,进入千人基因组数据库的网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下图所示,在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP,比如rs608139 搜索后出现如下界面,黄色区域是我们感兴趣的SNP,红色框框 ...
本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如:我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组,想从NCBI下载。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...
参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...