原文:用Annovar注释非人类基因组,如小鼠mm9

annovar一般只包含人类基因组注释数据库,其他的物种如小鼠需要自己进行建立注释信息。 第一步:下载annovar软件上Annovar官网下载 http: annovar.openbioinformatics.org en latest user guide download ,现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址,下载后文件为annovar.latest.tar.gz。 ...

2017-07-03 21:19 0 1576 推荐指数:

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人类基因组概况--整理

人类基因组概况:             人类基因组由ATCG四种碱基组成,但是CG的含量低于50%,所以CG含量低于AT含量。         一个基因组的dna大约3ug。   snp:     平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs,不过密度并不 ...

Thu Mar 26 15:18:00 CST 2020 0 1514
HGNC 数据库-人类基因组数据库

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
人类线粒体基因组简介

线粒体基因组是一个环状的双链DNA分子,包括轻链 L 和 重链 H, 其基因结构在哺乳动物中保守, 以human 线粒体为例, 人类线粒体基因组全长 16,596 bp , 共有13个编码蛋白的基因,根据编码的蛋白可以分成3类: 共有22种tRNA的基因 2种 ...

Wed Jun 28 01:39:00 CST 2017 0 8083
基因组注释】ncRNA注释

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
annovar 注释人类以外的SNP

1. 准备文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGen ...

Tue Sep 03 20:06:00 CST 2019 0 358
 
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