下面的图来自文章 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 Allon M. Klei ...
单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA seq数据很好分析,跟分析常规的RNA seq应该没什么区别。今天的这篇文章 年 月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算上的挑战 虽然已经过去 年多了,这里指出的问题和挑战仍然是不过时的,至于这些问题和挑战现在是不是完美解决了,这里就暂且 ...
2017-05-26 16:06 0 13409 推荐指数:
下面的图来自文章 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 Allon M. Klei ...
单细胞转录组 从研究方向看上,发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向,这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外,作为一个新兴的领域,10X 单细胞转录组检测到细胞多,数据庞大,信息复杂,对数据分析带来诸多困难,因此算法类的文章(Computational method ...
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我 ...
介绍 文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序,研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。不过文章选用的是已知固有SNP进行分类,基因表达分类用于和SNP分类进行比较。 代码讲解 读入QC后的seurat obj,过滤代码见之前的博客http ...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...
mRNA 的数量。10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞,UMI 来标记转录本 ...
业界良心啊,开源的单细胞课程。 随便看了几章,课程写得非常用心,非常适合新手。 课程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源码地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...
这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory int ...