原文:DNA比对算法:BWT

BWT算法,实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢 一 前缀树 对于问题p in S 如果S rpq,那么p为S前缀rp的一个后缀。 于是,为了判断p in S 是否成立,我们找到S的所有前缀,然后逐一判断p是不是它们的后缀。为了加快效率,我们将所有的前缀建成一颗树,这棵树便是前缀树。下面,我们举例说明前缀树的建立过程和如何使用前缀树进行模式匹配。 前缀树的建立 假设S acaacg ,p ...

2017-05-15 19:28 2 5981 推荐指数:

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BWA/BWT 比对软件

名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
DNA序列局部比对(Smith–Waterman algorithm)

生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现。 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比对 转载请保留 ...

Fri Dec 01 02:15:00 CST 2017 2 3366
DNA序列组装(贪婪算法

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想:       1. 找到权值最大的边;       2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边;       3. 除去以最大权值边为终点为终点的边;       4. 重复上述步骤,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法

1.什么是BWT   压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式,进行紧密的编码。   BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本,转换后使得相同的字符位置连续或者相邻,之后可以使用其他技术如:Move-to-front transform ...

Tue Jun 03 23:59:00 CST 2014 1 20687
基于开源算法实现图片比对进行图片全图和局部 比对

需要最新源码,或技术提问,请加QQ群:538327407 我的各种github 开源项目和代码:https://github.com/linbin524 一、需求 需要针对艺术品 局部和全图进行相识度比对,从而识别图片的真伪。 二、技术思路 通过AI 算法,查找两张图片的相似点 ...

Mon Oct 22 20:09:00 CST 2018 0 4153
Global Alignment(全局比对)--从算法(Needleman-Wunsch)到python实现

很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法,都是用到的动态规划的思想,知道一些罚分矩阵的概念,但一直都没有机会搞透彻,一些算法的细节也不太清楚,也没有亲手编程实现。 现在由于项目需求,需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序,同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了,看了一下他的代码也才 ...

Thu Nov 10 20:45:00 CST 2016 0 3709
 
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