原文:PacBio全基因组测序和组装

PacBio公司的业务范围也就 个 官网 : Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio的拿手好戏,因为它这么贵 貌似是二代的 倍 ,但它的核心优势就是长,还有无偏向性 这在科研上可就立马变成香饽饽了,现在用纯二代技术根本就发 ...

2016-11-26 20:15 0 1379 推荐指数:

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PacBio长reads的大基因组组装

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...

Sun Jun 12 21:17:00 CST 2016 0 4778
基因组测序及数据分析基础

华大的春季培训课程之一:https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341,我认为讲得很好,介绍全面而详细,加了一些个人经验(侵删)。 ...

Sun Mar 29 07:49:00 CST 2020 0 908
基因组鸟枪法测序策略(WGS)

基因组鸟枪法测序是在获得一定的遗传及物理图谱信息的基础上,绕过bac克隆逐个排序的过程,将基因组DNA分解成2kb左右的小片段进行随机测序,辅以一定数量的10kb的克隆和bac克隆的末端测序,利用超级计算机进行整合进行序列组装测序过程。 基因组鸟枪法测序的主要步骤 ...

Fri Dec 13 03:29:00 CST 2019 0 412
一个基因组测序分析实战

Original 2017-06-08 曾健明 生信技能树 这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的基因组测序分析流程,尤其适用于 人类研究。 PS:其实本文应该属于直播我的基因组系列,有两个原因把它单独拿出来 ...

Sun Jul 02 07:49:00 CST 2017 0 10268
NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装组装后,每个碱基正确率为98-99.8%, 可进一步通过NextPolish进行polish。 具体 ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

基因组测序 基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing)。 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,获得该物种的基因组 ...

Fri Oct 19 19:16:00 CST 2018 0 13208
经典:基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接/组装 (图片来源:google) 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novo ...

Fri Sep 27 18:30:00 CST 2019 0 515
基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
 
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