脚手架工具搭建的项目是把Vue作为一个模块（如CommonJS规范的模块）对待，在源码中引入vue模块，最终需要用构建工具（如webpack）载入模块，编写代码需要require('vue')。
而直接用<script>标签引入相当于直接把vue.js里的代码引入到自己的代码中，里面直接有一个Vue全局变量，不需要构建工具就能直接使用了。
应用场景的区别：
脚手架建立的是前端工程，可以添加各种依赖包，也可以优化项目，例如图片压缩、减少http请求，代码压缩等等好处，比较便于项目的工程化管理，适合中大型项目；
vue.js适合写简单的页面或者实现一个简单的小应用，省去了构建工程、打包发布，比较方便。