1、测试数据下载
链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g
提取码：5wfe
数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；
一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。
2、运行plink软件，命令如下：
plink --file test --sheep --pca 5 header tabs --out test
一共生成4个文件：
3、利用R软件读取test.eigenvec文件，并绘图，命令如下：
mydat<-read.table("test.eigenvec",as.is = T,header = T,stringsAsFactors = F)
png("test.png",width = 7000,height = 7000,pointsize = 160)
plot(mydat$PC1,mydat$PC2,lwd.ticks=10,font.axis=2,cex.lab=1.2,cex.axis=1.2,font.lab=2,ylab="PC2",xlab = "PC1",main="PCA",cex=1.4,pch=19,col=c(rep("red",20),rep("cyan",20),rep("magenta",20)))
box(which="plot",col="black",lwd=18)
legend("bottomleft",box.lwd=5,cex=1.1,inset = 0.04,c("DOR","GMM","SUN"),pch=19,col=c("red","cyan","magenta"))
dev.off()
4、绘图结果：
